Freilebende, heterotrophe Protisten – Erkundung genomischer und metabolischer Eigenschaften (ProMeta).

• Antragsteller: Dr. Kenneth Dumack
• Fachliche Zuordnung: Systematik und Morphologie der Tiere ; Ökologie und Biodiversität der Tiere und Ökosysteme, Organismische Interaktionen
• Förderung: Förderung seit 2023
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 536829148

Referenzgenome von Prokaryoten waren immens nützlich bei der Erforschung ihres Metabolismus, ihrer Funktionen und Ökologie. Referenzgenome von nicht pilzlichen Mikroeukaryoten (Protisten) sind jedoch selten, was zu einem nach wie vor schlechten Verständnis der Funktionen von Protisten führt. Eukaryotische Genome sind komplex und groß, was ihre Erforschung mit aktuellen Sequenzierungstechnologien zu einer Herausforderung macht. Noch problematischer sind Kontaminationen durch Prokaryoten, die bei dem Versuch, die Genome von Bakterienprädatoren zu sequenzieren, nicht vermieden werden können. Folglich stammen die meisten existierenden Protistengenome von Parasiten oder Algen, und frei lebende heterotrophe Protisten bleiben vernachlässigt. Die jüngste Entdeckung von Saccharomycomorpha psychra bietet eine einzigartige Gelegenheit das Genom eines freilebenden heterotrophen Protisten zu erforschen. S. psychra gehört zum eukaryotischen Infrakönigreich Rhizaria, einem Taxon mit ähnlicher Diversität wie Pflanzen, und ist eine Art der Klasse Sarcomonadea. Die sehr vielfältigen Sarcomonadea sind wahrscheinlich die am häufigsten vorkommenden Prädatoren terrestrischer Bakterien. Im Gegensatz zu den meisten anderen Sarcomonadeaarten ernährt sich S. psychra nicht von Bakterien, sondern wächst ähnlich wie Hefen, was eine Kultivierung ohne Umweltbakterien ermöglicht. Dies stellt eine einzigartige Möglichkeit dar, ein Sarcomonadeagenom zu sequenzieren und seine metabolischen Fähigkeiten zu erforschen. Unser Ziel ist es, das erste qualitativ hochwertige Genom einer freilebenden heterotrophen Rhizaria zu sequenzieren (WP1), zu bestimmen und quantifizieren welche Gene unter bestimmten Nahrungsquellen hochreguliert werden (WP2), und die noch unerforschte Vielfalt dieses aufregenden Taxons mittels Isolationen, Barcodieren und Beschreiben neuer Stämme weiter zu erforschen (WP3).

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen
• Mitverantwortlich: Dr. Kwee Boon Brandon Seah