Kapillarsequenziergerät (8 Kapillare) für die Sangersequenzierung

• Fachliche Zuordnung: Medizin
• Förderung: Förderung in 2024
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 538074129

Die Suche nach genetischen Sequenzvarianten wird heute meist mit Next Generation Sequencing (NGS) Verfahren durchgeführt, jedoch wird die direkte DNA-Sequenzanalyse einzelner Sequenzabschnitte mittels Sangersequenzierung weiterhin in der Forschung und Routinediagnostik eingesetzt. Das Auslesen der Rohdaten erfolgt mit Hilfe einer speziellen Software, die Feinauswertung durch erfahrene Mitarbeiter am Computermonitor. Die DNA-Sequenzanalyse wird in der Routine zur Mutationssuche und zum Nachweis bekannter Mutationen bei mono- und oligogenen Erkrankungen verwendet. Die Kapillarsequenzierung ist der Goldstandard für den Mutationsnachweis und die Validierung von Varianten die z.B. mittels NGS-Techniken identifiziert wurden. Zu den wichtigsten Vorteilen der direkten DNA-Sequzenzanalyse gegenüber Screening-Verfahren gehören die Vergleichbarkeit der Daten, die auf einer weitgehend standardisierten Methode beruhen, die Robustheit und Reproduzierbarkeit der Methode, die Sicherstellung der Qualität durch internationale Ringversuche und die vergleichsweise einfache Durchführbarkeit ohne aufwändige Optimierungsschritte. In der Routinediagnostik kommen mehrkanalige (8/16/48/96) Kapillarelektrophoresegeräte zum Einsatz. Das Forschungslabor der KIM-A an der UMG führt seit vielen Jahren Untersuchungen genetischer Risikofaktoren bei gastrointestinalen Erkrankungen, insbesondere der Bauchspeicheldrüse durch. Diesen Erkrankungen haben meist ein komplexes genetisches Risiko, wobei der Beitrag spezifischer Gene, bzw. einzelner Sequenzvarianten in aktuellen Forschungsprojekten untersucht wird. Benötigt wird daher ein 8-Kapillar-Sequenziergerät für die genetische Sequenzanalyse von Patienten-DNA, die vor allem der Untersuchung von potentiellen neuen Risikogenen und der Identifizierung bisher unbekannter genetischer Risikovarianten dient. Bei neu identifizierten Sequenzvarianten werden funktionelle Analysen zur Aufklärung des Pathomechanismus durchgeführt. Neben der Identifizierung von neuen Varianten gehört auch die Diagnostik auf bereits beschriebene Risikovarianten zur genauen Charakterisierung von Patientenkohorten z.B. für weiterführende Genom-weite Assoziationsstudien. Vorkommen und Häufigkeit von Sequenzvarianten werden in Patientenkohorten und Kontrollgruppen untersucht um deren genetisches Risiko für akute und chronische Erkrankungen oder schwere Krankheitsverläufe zu beurteilen oder den komplexen Zusammenhang unterschiedlicher Risikogene, bzw. den genetischen Risikobeitrag potentieller neuer Risikogene einschätzen zu können. In weiteren Forschungsprojekten wird das Sequenziergerät benötigt für die Generierung und Kontrolle von Plasmiden und Vektoren, sowie für genetische Untersuchungen von transgenen und knock-out Konstrukten bzw. zur Genotypisierung von z.B. transgenen oder knock-out Mauslinien.

• DFG-Verfahren: Forschungsgroßgeräte
• Großgeräte: Kapillarsequenziergerät (8 Kapillare) für die Sangersequenzierung
• Gerätegruppe: 3150 DNA-Sequenzer
• Antragstellende Institution: Universität Greifswald
• Leiter: Dr. Frank Ulrich Weiss