Identification of the progressionassociated tumor suppressor gene on chromosome 22q in astiocytic tumors
Final Report Abstract
Tumore zeigen oft Verluste spezifischer chromosomaler Abschnitte, was auf die Existenz von Tumorsuppressorgenen (TSG) in diesen Regionen hindeutet. In astrozytären Tumoren wurden verschiedene typische Verluste beobachtet. Wir konzentrieren uns auf eine Region auf dem langen Arm von Chromosom 22, die in astrozytären Tumoren häufig betroffen ist. Die bisherigen Befunde lassen eine Assoziation des bisher unbekannten TSG mit der Progression von Astrozytomen vermuten. Wir haben zunächst mittels einer Deletionskartierungen die in Frage kommenden chromosomalen Abschnitte eingegrenzt. Zur weiteren Identifikation des mutmaßlichen TSG auf 22q versuchten wir eine Kombination von elektronischem „Datamining“ und gezielter Expressionsanalyse von Kandidatengenen mit einem eigens für das Projekt entwickelten cDNA Microarray. Unsere Deletionskartierung zeigte hierbei den Schwerpunkt der Studie auf etwa 320 Gene zwischen 22q11.23 und 22q13.2 zu legen. Wir fokussierten uns auf 166 Gene, generierten cDNA-basierte PCR Produkte und ließen diese bei der Firma Scienion auf ein Array spotten. Die Astrozytome, deren cDNAs dann auf dem Expressionschip hybridisiert wurden, sind bezüglich der Deletion auf 22q vorcharakterisiert worden. Es sollten 40 astrozytäre Tumore hybridisiert werden, doch misslang bei der zweiten Serie von 20 Tumoren diese Analyse bei der kooperierenden Firma. Eine biometrische Analyse der Hybridisierungsdaten der ersten 20 Tumore verlief aufgrund der zu geringen Probenzahl erfolglos. Aus diesem Grund reduzierten wir unsere Selektion von Kandidatengene auf die Resultate der Annotation. Fünf Gene wurden auf Mutationen untersucht und als TSG ausgeschlossen. Weiterhin versuchten wir in einer Kooperation mit dem Rudbeck Labor in Uppsala in Schweden eine Deletionskartierung in Glioblastomen vorzunehmen. Auch in diesem Teil der Studie gelang eine weitere Eingrenzung der bisher bekannten Deletionsregionen.
Publications
- Fine mapping of chromosome 22q tumor suppressor gene candidate regions in astrocytoma. Int J Cancer. 2004 Mar 1;108(6):839-44
Hartmann C, Numann A, Mueller W, Holtkamp N, Simon M, von Deimling A
- Chromosome 22 tiling-path array-CGH analysis identifies germ-line- and tumor-specific aberrations in patients with glioblastoma multiforme. Genes Chromosomes Cancer. 2005 Oct;44(2):161-9
de Stahl TD, Hartmann C, de Bustos C, Piotrowski A, Benetkiewicz M, Mantripragada KK, Tykwinski T, von Deimling A, Dumanski JP
