Statistische Verfahren zur Analyse quantitativer Phänotypen
Final Report Abstract
In diesem Projekt wurden kopplungsanalytische Verfahren für quantitative Phänotypen untersucht. In dem ersten Projektteil wurden verschiedene kopptungsanalytische Verfahren in einer umfangreichen Monte-Carlo Simulationsstudie miteinander verglichen. Dabei stellte sich Mertin-Regress über alle betrachteten Szenarios als das Verfahren der Wahl heraus. Überraschend gut schnitt das bisher wenig betrachtete nichtparametrische NPAR Verfahren ab. Im zweiten Teil des Projekts wurde die Gewichtung von Geschwisterpaaren untersucht. Dabei wurde dieser Teil des Projekts im Vergleich zur ursprünglichen Zielsetzung um die Untersuchung von erkrankten Geschwisterpaaren erweitert. Im Kern zeigt sich, dass von einer Gewichtung nach Markeninformativität abzuraten ist: Bei quantitativen Phänotypen lassen sich die Gewichtungsfunktionen so gestalten, dass ein beliebiger vorgegebener p-Wert auch mit den vorhandenen Daten erreicht werden kann. Ermutigend waren hingegen die Resultate für den Jack-knife Schätzer für die Varianz. Zum einen zeigt sich die Gültigkeit des implementierten Verfahrens (Skripte in C für GENEHUNTER sowie SOLAR). Zum anderen bietet dieses Verfahren die Möglichkeit der konsistenten Schätzung einer Varianz für Heritabilitäten. Unerwartet war, dass der Jack-knife Schätzer sehr gute Eigenschaften bei der Rekrutierung von Familien über zwei Probanden gezeigt hat. Im letzten Teil wurde das SPPSP Studiendesign untersucht, bei dem Geschwisterpaare über ein Elter mit einem extremen Phänotyp rekrutiert werden. Die Ergebnisse sind plausibel. Das Design hat eine geringere Macht, als wenn Geschwisterpaare über ein Geschwister mit einem extremen Phänotyp rekrutiert werden; es ist besser als das zufällige Ziehen von Geschwisterpaaren.
Publications
- (2005). Haseman-Elston weighted by marker informativity. BMC Genetics 6, S50
Franke, D., Kleensang, A., Elston, R.C, and Ziegler, A.
- (2005). Weighting affected sib pairs by marker informativity. American Joumal of Human Genetics 77, 230-241. Erratum in American Journal of Human Genetics 78, 732-733
Franke, D., and Ziegler, A.
- (2006). SIBSIM - quantitative phenotype simulation in extended pedigrees. GMS Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie 2, Doc02
Franke, D., Kleensang, A., and Ziegler, A.
- (2007). Interrelationship and familiality of dyslexia related quantitative measures. Annals of Human Genetics 71, 160-175
Schulte-Körne, G., Ziegler, A., Deimel, W., Schumacher, J., Plume, E., Bachmann, C., Kleensang, A., Propping, P., Nöthen, M.M., Warnke, A., et al.
- (2008). A general approach for sample size and power calculations based on the Haseman-Elston method. Biometrical Journal 50, 257-269
Hädicke, O., Pahlke, F., and Ziegler, A.
