Epistatic kinship: A new approach to estimate genetic similarity of individuals and populations

• Applicant: Professor Dr. Henner Simianer
• Subject Area: Animal Breeding, Animal Nutrition, Animal Husbandry
• Term: from 2003 to 2006
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5398402

Der von Malécot vorgeschlagene Ansatz des Abstammungskoeffizienten (Kinship) als Wahrscheinlichkeit der Herkunftsgleichheit von Allelen soll von der Einzelgenbetrachtung auf die Betrachtung von Chromosomensegmenten ausgedehnt werden. Das resultierende Ähnlichkeitsmaß wird als "Epistatic Kinship" bezeichnet und ist von verschiedenen Faktoren wie z.B. der Crossing-Over-Aktivität und der genetischen Interferenz abhängig. Es soll ein Verfahren entwickelt werden, mit dem die "Epistatic Kinship" zwischen Individuen auf der Basis von Typisierungsergebnissen geschätzt werden kannn. Die mittlere "Epistatic Kinship" kann als Distanzmaß zwischen Populationen verwendet werden, wobei durch die Wahl der Segmentlänge eine deutlich bessere zeitliche Auflösung als mit den gängigen mutations- und driftbasierten Distanzmaßen erreicht werden kann. Dies kann insbesondere für phylogentische Studien zur Differenzierung von Rassen oder Subpopulationen innerhalb von Nutztierarten von Vorteil sein. Die entwickelten Methoden sollen zunächst anhand von simulierten Daten validiert werden. Parallel sollen für sechs porcine Chromosomenregionen unterschiedlicher Länge informative Sets von Single Nucleotide Polymorphism (SNP)-Markern entwickelt werden. Auf Grundlage der Typisierungsergebnisse für diese SNP-Sets soll die Methode exemplarisch für die individuelle und phylogenetische Analyse der drei Teilpopulationen des Göttinger Minischweins praktisch genutzt werden.

• DFG Programme: Research Grants