LILBID mass spectrometry for detecting specific RNA-ligand complexes and RNA macromolecules (A 12)

• Subject Area: Analytical Chemistry
• Term: from 2004 to 2009
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5484731

Ziel des Projektes ist die Untersuchung von RNA-Ligand Komplexen und RNA Makromolekülen mit Hilfe der in unserer Gruppe neu entwickelten LILBID (Laser Induced Liquid Bead Ion Desorption) Massenspektrometrie. Wir beabsichtigen mit dieser Methode die (1) Untersuchung des Tat/TAR Komplexes und dessen Inhibition durch einen neuen Typ von Liganden. In gleicher Weise soll die Bindung von Aminoglycosiden an die ribosomale Decoding Site (A-Site) sowie deren Inhibition gemessen werden.(2)Untersuchung von Riboswitch-RNA. Bestimmung von Bindungsstellen, differentiellen Dissiziationskonstanten (KD) sowie des zeitlichen Verhaltens von Konformationsänderungen durch Mutationsanalyse.(3) Untersuchung der „uncaging“-Kinetik von photoschaltbaren RNA-Aptameren.(4) Untersuchung der Konformationsänderungen von Riboswitches durch zeitaufgelöste Messungen des Wasserstoff-Deuterium Austausches, zusammen mit Schwalbe (A10).(5)Massenspektrometrie integraler Ribosome sowie Analyse ihrer Protein/RNA-Untereinheiten nach Thermolyse bzw. Denaturierung. Insbesondere sollen Pre-Ribosome von Pflanzen und von Hefe, studiert werden. Auch Polyribosome von Zellen und deren Zusammensetzung sollen mit P.Fucini untersucht werden. Die Analyse von tRNAsec und von RNA/Protein Komplexen des archaeen Selenierungssystems soll untersucht werden.(6)Außerdem sollen substantielle methodische Verbesserungen des LILBID-Verfahrens durchgeführt werden.

• DFG Programme: Collaborative Research Centres
• Subproject of: SFB 579: RNA-Ligand Interactions
• Applicant Institution: Goethe-Universität Frankfurt am Main
• Project Heads: Dr. Hans-Dieter Barth; Professor Dr. Bernd Brutschy (†)