SFB 579:  RNA-Liganden-Wechselwirkungen

• Fachliche Zuordnung: Chemie ; Biologie ; Medizin
• Förderung: Förderung von 2001 bis 2009
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 5484731

Ziel des Forschungsprogramms ist die molekulare Erkennung von RNA durch natürliche und synthetische Liganden. RNA ist essentiell zur Weitergabe genetischer Information und entscheidend an katalytischen Prozessen in der Zelle beteiligt. Wichtige Klassen von RNA-Liganden sind Proteine, Nucleinsäuren, niedermolekulare Naturstoffe, synthetische Moleküle und Ionen. Die biologischen Arbeitsgruppen befassen sich mit der Funktion von RNA in zellulären Systemen. Eine zentrale Aufgabe ist die Charakterisierung relevanter RNA-Protein-Wechselwirkungen. Die gewonnenen Erkenntnisse werden dazu beitragen, biologische Testsysteme zu erarbeiten. Im Mittelpunkt der chemischen Beiträge steht die Suche nach potenziellen Wirkstoffen, die definierte biologische Funktionen modulieren können, und die Beschreibung von Struktur und Dynamik ihrer RNA-Komplexe. Gemeinsames Ziel ist die Entwicklung und Umsetzung von Strategien, die es erlauben, maßgeschneiderte Ligandmoleküle für wichtige RNA-Motive zu finden. Das Vorgehen umfasst die Synthese kombinatorischer Substanzbibliotheken, die Schritte der Selektion und die strukturelle Charakterisierung von RNA-Ligand-Komplexen. Schlussendlich sollen die molekularen Erkennungsvorgänge verstanden sein und als Grundlage für zukünftiges Liganden-Design dienen. Um in exemplarischen Fällen, etwa bei der Inhibierung der Virus-Replikation, bis zu konkreten Leitstukturen zu gelangen, wurde ein multidisziplinäres Team aus Chemikern, Biologen, Pharmazeuten und Humanmedizinern erfogreich zusammengeführt.

• DFG-Verfahren: Sonderforschungsbereiche

Abgeschlossene Projekte

• A02 - Chemisch-modifizierte RNAs für Analytik und Therapie (Teilprojektleiter Engels, Joachim W. ;  Heckel, Alexander )
• A03 - Mit RNA-Funktionen interferierende, synthetisierte, kleine Moleküle (Teilprojektleiter Göbel, Michael )
• A04 - Massenspektrometrische Analytik von RNA und RNA-Wirkstoffkomplexen (Teilprojektleiter Karas, Michael )
• A05 - Kombinatorische Synthese von RNA-bindenden Kohlenhydratderivaten (Teilprojektleiter Kunz, Horst ;  Opatz, Till )
• A06 - Untersuchungen zur Struktur und Dynamik von RNA und RNA-Ligand-Komplexen mittels Multifrequenz-EPR/ENDOR-Spektroskopie (Teilprojektleiter Prisner, Thomas F. )
• A07 - Moleküldynamische Untersuchungen von RNA und RNA-Liganden-Komplexen (Teilprojektleiter Stock, Gerhard )
• A8 - Kombinatorische Synthese und RNA-Bindungsverhalten von Aminoglycosid-Mimetika (Teilprojektleiter Wittmann, Valentin )
• A09 - NMR-spektroskopische Untersuchungen der Struktur von bakteriellen RNA-bindenden regulatorischen Proteinen und ihrer Wechselwirkung mit RNA (Teilprojektleiter Wöhnert, Jens )
• A10 - NMR-spektroskopische Untersuchungen zur Struktur und Dynamik von RNA und von RNA-Ligand-Komplexen (Teilprojektleiter Schwalbe, Harald )
• A11 - Molekulare Erkennung bei RNA-Ligand-Komplexen und Anwendungen im struktur- und ligandenbasierten Moleküldesign (Teilprojektleiter Schneider, Gisbert )
• A12 - LILBID-Massenspektrometrie für den Nachweis spezifischer RNA-Ligand-Komplexe und RNA-Makromolekülen (Teilprojektleiter Barth, Hans-Dieter ;  Brutschy, Bernd )
• A13 - Structural and Biophysical Analysis of RNA Interference (RNAi) (Teilprojektleiter Chen, Ph.D., Julian C.-H. )
• B01 - Identifizierung von Peptidliganden für funktionelle RNA-Strukturen über Screening von Phage-display-Banken (Teilprojektleiterin Dietrich, Ursula )
• B03 - Analyse der Funktion des Nep1-Proteinkomplexes bei der ribosonalen Biogenese". (Teilprojektleiter Entian, Karl-Dieter ;  Kötter, Peter )
• B04 - RNA-Liganden als therapeutische Moleküle (Teilprojektleiter Grez, Manuel )
• B05 - Ribozyme und siRNA als antivirale Effektormoleküle: Kombinierte endogene Expression und exogene Applikation (Teilprojektleiter Klein, Stefan A. )
• B06 - Translationskontrolle durch 3-nichttranslatierte mRNA-Bereiche (Teilprojektleiter Soppa, Jörg )
• B8 - Biopolymere Trägersysteme für RNA-Liganden (Teilprojektleiter Kreuter, Jörg ;  Zimmer, Andreas )
• B09 - RNA-basierte anti-trypanosomale Strategien (Teilprojektleiter Göringer, H. Ulrich )
• B10 - Selektion von RNA Aptameren gegen HIV-1 Hüllproteine (Teilprojektleiterin von Laer, Dorothee )
• B11 - Genetische und biochemische Analyse der Biosynthese von Selenoproteinen in Archaen (Teilprojektleiter Rother, Michael )
• Z01 - Analyse von RNA (Teilprojektleiter Engels, Joachim W. ;  Göbel, Michael )
• Z02 - Fluoreszenz-Korrelations-Spektroskopie (Teilprojektleiter Brutschy, Bernd )
• Z03 - Zentrale Verwaltung des SFB (Teilprojektleiter Göbel, Michael ;  Schwalbe, Harald )

• Antragstellende Institution: Goethe-Universität Frankfurt am Main
• Beteiligte Hochschule: Johannes Gutenberg-Universität Mainz; Technische Universität Darmstadt
• Beteiligte Institution: Georg-Speyer-Haus; Institut für Tumorbiologie und experimentelle Therapie
• Sprecher: Professor Dr. Harald Schwalbe