Tissuemicroarray Plattform (TMA)

• Fachliche Zuordnung: Medizin
• Förderung: Förderung in 2024
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 544462957

Das Universitätsklinikum Düsseldorf und die Medizinische Fakultät der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf bewerben sich um eine volldigitalisierte Tissue Microarray Plattform (copTMA). Die beantragte Plattform besteht aus einem automatisierten Tissue Arrayer und einem digitalen Slide Scanner (BD 250 Flash), die über systemeigene Software Module miteinander verbunden sind. Im Einklang mit der strategischen Ausrichtung der Fakultät ergänzt diese wichtige Forschungsausrüstung die laufenden Bemühungen zur Konsolidierung von Forschungstechnologien in sog. Core Units. Für eine nachhaltige Probenlogistik wird daher die copTMA-Plattform neben den lokalen Biobanken installiert. Die copTMA-Plattform dient verschiedenen vielversprechenden Projekten, die in einem breiten Spektrum von Forschungsprojekten von zehn verschiedenen aktiven Forschungsgruppen und Kliniken in diesem Antrag beschrieben sind. Neben der Onkologie werden Projekte in der Rheumatologie, Fibrose- und Entzündungsforschung unterstützt. Damit ist eine nachhaltige Nutzung bereits alleine durch die Fakultät gewährleistet, könnte aber auch auf weitere Projekte z.B. im Rahmen von Konsortial-Projekten ausgedehnt werden. Im Bereich des Datenmanagements findet eine lokale Zusammenarbeit mit dem Datenintegrationszentrum und der Core Unit Bioinformatik statt. Letztere wird die bildbasierte Forschung für künstliche Intelligenz Ansätze (computational pathology) innerhalb des kürzlich installierten Hochleistungs-Rechenclusters ermöglichen. Die weitere Zusammenarbeit erstreckt sich auf das Center for Advanced Imaging, die Core Facility Advanced Light Microscopy und externe Forscher. Die copTMA-Plattform verdichtet Kohorten für kostengünstige Analysen, insbesondere im Bereich der räumlichen Analyse (spatial -omics), die verschiedene Techniken (CODEX, Macsima, CYTOF, GeoMx, Cosmx) umfasst. Im Einzelnen ermöglicht der Scanner grundlegende Fluoreszenzstudien mit einer 6-Spektren-Option. Der Punching-Roboter mit PCR-Option erleichtert molekulargenetische Studien. Die bio-informatische Kollaboration um den HPC-Cluster führt neue Ansätze der künstlichen Intelligenz ein. Um eine erweiterte Funktionalität zu erreichen, werden von der Fakultät Eigenleistungen für Datenspeicherung und Schnittstellen erbracht. Der Langzeitspeicher beginnt bei bestehenden 32 TB und wird schrittweise auf 160 TB erweitert. Schnittstellen werden geschaffen, um die Kompatibilität mit dem Datenintegrationszentrum zu erfüllen, die die Anbindung an das campuslizenzierte Biobank-Labormanagementsystem und die DICOM-Kompatibilität für die integrative Analyse mit radiologischen Bildern umfasst. Zentrale Mittel der Medizinischen Fakultät unterstützen die Entwicklung der copTMA-Plattform zu einer Core Facility. Die copTMA-Plattform verankert Tissue-Microarray-Expertise an der HHU und berücksichtigt neueste Biobanking-Standards, FAIR-Prinzipien, Biobanking 4.0 und Qualitätsmanagement, um höchste Forschungsstandards in diesem Bereich zu erfüllen.

• DFG-Verfahren: Forschungsgroßgeräte
• Großgeräte: Tissuemicroarray Plattform (TMA)
• Gerätegruppe: 3590 Sonstige Geräte für Gewebe- und Zelluntersuchung
• Antragstellende Institution: Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf
• Leiter: Professor Dr. Tilman Rau