Untersuchung der 5S und des Intergenic Spacers der ribosomalen DNS von Hausschwamm-Arten und weiteren Coniophoraceae

• Applicant: Professor Dr. Olaf Schmidt
• Subject Area: Plant Genetics and Genomics
• Term: from 2005 to 2007
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5452459

Abgesehen von der basidiomycetischen Hefe Filobasidiella (Cryptococcus) neoformans und dem Ektomykorrhiza-Basidiomyceten Laccaria bicolor war die komplette IGS-Sequenz weiterer Basidiomyceten nicht bekannt. Dies gilt auch trotz der derzeitigen Genom-Sequenzierungen ("whole genome shotgun, WGS") einiger Basidiomyceten, wie Phonerochaete chrysosporium und Serpula lacrymans, da der rDNS-Locus in diesen WGS-Sequenzen meist nicht zusammengesetzt erscheint. Daher wurde von der ökonomisch wichtigen Gruppe der Basidiomyceten in Gebäuden, nämlich von den Hausfäulepilzen Serpula lacrymans (Echter Hausschwamm), S. himantioides (Wilder Hausschwamm), Meruliporia incrassata (Nordamerikanischer Hausschwamm), Leucogyrophana pinastri (Gelbrandiger Hausschwamm), Coniophora puteana (Brauner Kellerschwamm), C. marmorata (Marmorierter Kellerschwamm), alle aus der Familie Coniophoraceae, Ordnung Boletales, sowie von Antrodia vaillantii (Breitsporiger weißer Porenschwamm, Coriolaceae, Aphyllophorales), der Intergenic Spacer (IGS) einschließlich des 5S-Gens der ribosomalen DNS (rDNS) mittels PCR amplifiziert und dann kommerziell sequenziert.Die kompletten IGS-Sequenzen wurden erhalten. Bei mehreren Isolaten je Pilzart war die Stammvarianz gering. Ein kurzer IGS I (253-823 bp) ist durch die 5S (118 bp) von einem langen IGS H (2193-3310 bp) getrennt. Bei den untersuchten Coniophoraceae erscheint die 5S-rDNS in revertierter Richtung, wie dies bisher nur für Armillariafuscipes und Coprinus comatus bekannt war. Meist gibt es im IGS II durchgehende Folgen von langen Wiederholungen (Repeats). Bei M. incrassata und L. pinastri existieren im IGS 11 intraspezifische Längenunterschiede, indem bei letzterem eniweder 22 oder 13 Repeats auftreten, die den verschiedenen Zellkernen des Dikaryonten entsprechen dürften. Die Sequenzen sind in den Datenbanken deponiert.Durch die Sequenzierung des IGS liegt nunmehr die komplette Sequenz einer rDNS-Einheit von fünf Basidiomyceten (Serpula lacrymans, S. himantioides, Coniophora puteana, C. marmorata, Antrodia vaillantii) vor; dies war für den Bereich der Pilze vorher nur von Encephalitozoon cuniculi (Microsporidia) bekannt. Die erhaltenen Befunde können zur Pilzdiagnose durch Sequenzvergleich (BLAST) und für phylogenetische Zwecke verwendet werden.

• DFG Programme: Research Grants