Isolierung neuer Parodontitis-assoziierter Bakterienarten mittels Culturomics – Vergleich mit der Shotgun-Metagenomanalyse

• Antragsteller: Professor Dr. Ali Al-Ahmad
• Fachliche Zuordnung: Zahnheilkunde; Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie
• Förderung: Förderung seit 2025
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 567959569

Ein Shift des mit Parodontitis assoziierten subgingivalen Mikrobioms wurde nachgewiesen. Bei der Charakterisierung parodontitis-assozierter Mikroorganismen spielen die Probenentnahme sowie die angewandten mikrobiologischen Methoden eine wichtige Rolle. Mittlerweile gilt die Hochdurchsatz-Sequenzierung (NGS: "Next Generation Sequencing") als die Methode der Wahl zur Aufklärung der mit Parodontitis assoziierten Mikrobiota. Dies führte zum Nachweis vieler unkultivierbarer mit Parodontitis assoziierter und unbekannter Bakterien ("dark matter of metagenomics"). Der Einsatz intensiver Culturomics-Methoden wurde bisher in erster Linie zur Aufklärung des Darm-Mikrobioms eingesetzt und führte zur Isolierung einer Vielzahl von bisher nicht bekannten jedoch von NGS nachgewiesenen Darmbakterienarten. Der subgingivale orale Biofilm wurde bisher kaum mittels Culturomics untersucht. Eine gleichzeitige Anwendung von Culturomics und NGS zur Charakterisierung des mit Parodontitis assoziierten subgingivalen Biofilms wurde bisher nicht durchgeführt. Im beantragten Projekt soll der mit Parodontitis assoziierte subgingivale Biofilm im Vergleich zum Biofilm gesunder Probanden mittels Culturomics und NGS untersucht werden. Die Proben werden standardisiert von einem erfahrenen Kliniker entnommen, auf unterschiedlichen bisher nicht getesteten Kulturmedien ausplattiert und durch die Shotgun-Analyse auch metagenomisch untersucht. Die Kultivierung neuer Bakterienarten aus dem subgingivalen Biofilm, die Erweiterung der Erkenntnisse des "dark matter of metagenomics", die Erhöhung der Biodiversität und Biobankressourcen oraler Mikroorganismen und die Erweiterung der Erkenntnisse zu Möglichkeiten und Grenzen metagenomischer Analysen im Vergleich zur Culturomics gehören zu den Zielen dieses Projektes. Der 2022 vorgeschlagene Index der mit Parodontitis assoziierten mikrobiellen Dysbiose (SMDI: Index for Measuring Subgingival Microbial Dybiosis) soll durch das beantragte Projekt zusätzlich verbessert werden.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen
• Mitverantwortliche: Professor Dr. Harald Binder; Professor Dr. Fabian Cieplik; Privatdozentin Dr. Anne Kruse