Proteomik-fähiges LC-MS-System

• Fachliche Zuordnung: Biologische Chemie und Lebensmittelchemie
• Förderung: Förderung in 2025
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 574898102

Massenspektrometrie-basierte Proteomik ist heutzutage eine essentielle Technologie in der chemisch-biologischen bzw. (zell)molekularbiologischen Forschung. An der Fakultät für Biologie bzw. der UDE wird diese Methodik über die Analytics Core Facility Essen (ACE) Forschungsanwendern über zwei parallel-betriebene Massenspektrometer zur Verfügung gestellt. Jedoch entspricht das ältere der beiden in der ACE vorhandenen MS-Systeme weder dem Stand der Technik, noch kann es aufgrund ständig auftretender Defekte und notwendiger Wartungen, weiterhin wirtschaftlich betrieben werden. Daher soll dieses MS-System durch eine Neuanschaffung eines zeitgemäßen, leistungsfähigen MS-Systems ersetzt werden. Dieses soll aus einem, dem Stand der Technik entsprechendem Massenspektrometer, d. h. einem MS-Gerät mit hoher Auflösung, Sensitivität, Massengenauigkeit und Scan-Raten, als auch einem dazu passenden Ultra-Hochdruck-Flüssigkeitschromatographie-System bestehen. Da heutige MS-Systeme bei der Messung bzw. während der Datenanalyse darüber hinaus sehr große Datenmengen generieren, welche auch langfristig gesichert werden müssen, sollen neben dem MS-System darüber hinaus auch mehrere Fileservereinschübe angeschafft werden, die dann in den bestehenden Ceph-Cluster der Fakultät Biologie integriert werden und dessen Speicherkapazität signifikant erweitern. Um die großen Datenmengen auch vernünftig verarbeiten zu können, soll des Weiteren auch ein Hochleistungsauswerterechner (192 Threads, 768 GB Arbeitsspeicher, mind. 16 TB schneller M.2 Speicher) über dieses Projekt angeschafft werden. Das beantragte MS-System soll dann hauptsächlich in label free-MS-Anwendungen (label-freier Vergleich von unterschiedlich behandelten Proteomen) im DDA- (data dependent aquisition) oder DIA- (data independent aquisition, z. B. nach vergleichenden Proteomanalysen) Modus eingesetzt werden. Des Weiteren ist geplant, dass System in der Strukturaufklärung und bei Interaktionsstudien einzusetzen (Hauptanwendungen sind hier cross-linking-MS bzw. proximity-dependent biotinylation). Das anzuschaffende MS-System soll dabei wieder in die ACE integriert werden, so dass es für alle Nutzer an der Fakultät Biologie bzw. der UDE zur Verfügung steht.

• DFG-Verfahren: Forschungsgroßgeräte
• Großgeräte: Proteomik-fähiges LC-MS-System
• Gerätegruppe: 1700 Massenspektrometer
• Antragstellende Institution: Universität Duisburg-Essen
• Leiter: Professor Dr. Markus Kaiser