Database-independent parallel screening for multiple post-translational protein modifications based on the modification-specific peptide fragmentation pathways

• Applicant: Marina Edelson-Averbukh, Ph.D.
• Subject Area: Biochemistry
• Term: from 2008 to 2010
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 63628683

Ziel des Vorhabens ist die Entwicklung einer neuen Strategie zur Analyse von Proteinmodifikationen mittels Massenspektrometrie. Zunächst wird eine systematische Untersuchung der durch Kollisionen induzierten Dissoziation sowohl negativer als auch positiver Ionen von Peptiden mit allgemein bekannten kovalenten Modifikationen durchgeführt. Dies sollte Fragmente und/oder Neutralverluste oder deren Kombinationen aufzeigen (später „reporter ions“ genannt), welche spezifisch für jeden Modifikationstyp sind. Des weiteren durchsucht eine spezielle Software alle Spektren in kombinierten LC-MS/MS-Datensätzen nach „reporter ions“, welche sowohl im positiven als auch negativen Ionenmodus gemessen wurden. Das Screening identifiziert folglich die posttranslationalen Modifikationen unabhängig von Sequenzen aus Datenbanken sowie Suchalgorithmen und ist daher weitaus weniger beeinflußt von der Datenqualität der MS/MS-Spektren. Die neue Methodik wird mittels Analyse von modifizierten Standardproteinen validiert und soll später in anspruchsvollen biologischen Projekten angewendet werden.

• DFG Programme: Research Grants
• International Connection: Israel
• Participating Person: Professor Dr. Yosef Shiloh