Improving the quality of protein crystals using rational design of crystal contacts

• Antragsteller: Professor Dr. Dmitrij Frishman
• Fachliche Zuordnung: Bioinformatik und Theoretische Biologie
• Förderung: Förderung von 2008 bis 2012
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 71103967

Die niedrige Erfolgsrate bei der Erzeugung gut beugender Kristalle ist einer der Hauptfaktoren, die den Fortschritt der Strukturaufklärung mittels Röntgenkristallographie einschränken. Neueste Forschungsberichte weisen darauf hin, dass eine deutliche Verbesserung der Kristallqualität erreicht werden kann durch sorgfältig ausgewählte Mutationen, die die Aminosäurekontakte an den 5 Kristallberührungsflächen beeinflussen. Wir schlagen daher vor, eine groß angelegte statistische Untersuchung durchzuführen, um Korrelationen zwischen Kristallqualität, der Natur intermolekularer Kontakte im Kristallgitter und der Aminosäuresequenz der Proteine zu identifizieren und auszuwerten. Dafür ist es nötig, eine umfassende Datenbank zu erstellen, die Informationen über alle bekannten Kristallkontakte zusammen mit den für die Strukturbestimmung verwendeten experimentellen Bedingungen sowie Qualitätsmerkmalen der Struktur wie etwa Auflösung, Datenvollständigkeit und RFaktor, enthält. Derartige Kristallkontaktdaten sind momentan in keiner öffentlich zugänglichen Datenbank verfügbar. Methoden des Data Minings sollen verwendet werden, um informative Eigenschaften zu identifizieren, die Kristalle niedriger Qualität von solchen hoher Qualität unterscheiden. Ein zentraler Punkt unseres Ansatzes ist dabei die Verwendung sowie weitere Entwicklung fortgeschrittener Methoden für die Vorhersage von Lösungsmittel zugänglichen Resten. Allgemeingültige Regeln sollen abgeleitet werden, die die Entwicklung von Mutagenese-Experimenten für Oberflächenreste ermöglichen, mit denen die Wahrscheinlichkeit hoch-auflösende Kristalle zu erzeugen, verbessert werden soll. Diese Regeln sollen schließlich experimentell verifiziert werden, indem vorgeschlagene Mutationen in einer Anzahl von Testproteinen eingeführt werden und daraufhin die Qualität der resultierenden Kristalle über die Auflösung der Kristallbeugung untersucht wird.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen
• Internationaler Bezug: Polen
• Beteiligte Personen: Professor Dr. Janusz M. Bujnicki; Professor Marcin Nowotny, Ph.D.