Neue RNA-vermittelte regulatorische Funktionen der humanen hnRNP L-Proteine

• Antragsteller: Professor Dr. Albrecht Bindereif
• Fachliche Zuordnung: Allgemeine Genetik und funktionelle Genomforschung ; Biochemie ; Zellbiologie
• Förderung: Förderung von 2008 bis 2018
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 80033308

Das heterogene nukleäre Ribonukleoprotein (hnRNP) L, ein multifunktionelles RNA-Bindeprotein mit vier RRM-Motiven, erkennt CA-reiche RNA-Sequenzen und aktiviert bzw. reprimiert alternatives Spleißen positionsabhängig. Wie wir vor kurzem für das alternative Spleißen von CD45 in humanen B-Zellen gezeigt haben, kooperiert hnRNP L manchmal mit hnRNP L-like, einem eng verwandten paralogen Protein derselben Domänenstruktur. Außerdem kann hnRNP L die RNA-Stabilität regulieren, und unsere transkriptomweite iCLIP-Analyse ergab, dass hnRNP L sehr häufig in 3'-nicht-translatierten Bereichen (3'UTRs) von mRNAs bindet. Auf dieser Grundlage planen wir, neue RNA-vermittelte regulatorische Rollen der hnRNP L-Proteine näher zu charakterisieren: Erstens werden wir eine mögliche Rolle der 3'UTR-Bindung von hnRNP L erforschen, insbesondere wie die Kompetition zwischen hnRNP L- und microRNA-Bindung mRNA-Stabilität und Translation beeinflusst. Zweitens wollen wir den iCLIP-Ansatz von hnRNP L auf das paraloge hnRNP L-like Protein ausdehnen, mit dem Ziel, die Kooperation der beiden hnRNP L-Proteine in humanen B-Zellen umfassend zu analysieren. Diese genomweiten in vivo-Bindungsdaten sollen durch einen in vitro SELEX-Seq-Ansatz komplementiert werden, um die differentielle RNA-Bindungsaktivität der beiden hnRNP L-Proteine und die kombinatorische RNA-Erkennung ihrer vier RRMs aufzuklären. Drittens planen wir, eine neuartige, putative Funktion der beiden hnRNP L-Proteine zu erforschen: Bindung an sogenannte zirkuläre RNA-Schwämme (circRNA protein sponge). Dabei werden wir sowohl natürliche Vertreter suchen als auch artifizielle, hnRNP L/L-like-spezifische circRNA-Schwämme entwickeln.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen