Molecular and biochemical characterization of SERRATE and the nuclear cap-binding complex
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Im Rahmen unserer Arbeiten konnten wir große Fortschritte bei der Erforschung der Funktionen von SERRATE und dem CBC erzielen. Unsere Ergebnisse zeigen, dass: SERRATE und der CBC die pri-miRNA und mRNA-Prozessierung (Spleißen) regulieren; SERRATE und der CBC die Akkumulation von RNAs kontrollieren, die von Transposons erzeugt wird; SERRATE direkt mit der CBC Untereinheit CBP20 interagiert; SERRATE direkt mit LUCrl, einem Teil des U1-snRNPs interagiert; SERRATE direkt mit RACK1 interagiert (wir haben im Rahmen unserer Arbeiten gezeigt, dass RACK1 eine neue Komponente der miRNA-Biogense ist); Pri-miRNA nur dann in reife miRNA prozessiert werden, wenn sie durch Pol II transkribiert werden. Dazu werden weitere spannende Experimente durchgeführt (LUC7, Aufreinigung con SERRATE-Komplexen).
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
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(2008) Dual roles of the nuclear cap-binding complex and SERRATE in pre-mRNA splicing and microRNA processing in Arabidopsis thaliana. PNAS 105, 8795-8800. Comment in: PNAS 2008, 105: 8489-8490
Laubinger, Sascha; Sachsenberg, Timo; Zeller, Georg; Busch, Wolfgang; Lohmann, Jan U.; Rätsch, Gunnar & Weigel, Detlef
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(2009) Stress-induced changes in the Arabidopsis thaliana transcriptome analyzed using whole genome tiling arrays. The Plant Journal 58, 1068-1082
Zeller, Georg; Henz, Stefan R.; Widmer, Christian K.; Sachsenberg, Timo; Rätsch, Gunnar; Weigel, Detlef & Laubinger, Sascha
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(2010) Global effects of the small RNA biogenesis machinery on the Arabidopsis transcriptome. PNAS 107, 17466-17473
Laubinger, Sascha; Zeller, Georg; Henz, Stefan R.; Buechel, Sabine; Sachsenberg, Timo; Wang, Jia-Wei; Rätsch, Gunnar & Weigel, Detlef
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(2011) Support vector machines-based identification of alternative splicing in Arabidopsis thaliana from whole-genome tiling arrays. BMC Bioinformatics16, 55
Eichner, Johannes; Zeller, Georg; Laubinger, Sascha & Rätsch, Gunnar
