Molecular and biochemical characterization of SERRATE and the nuclear cap-binding complex

• Applicant: Professor Dr. Sascha Laubinger
• Subject Area: Plant Genetics and Genomics
• Term: from 2008 to 2014
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 84149828

• Final Report Year: 2011

Final Report Abstract

Im Rahmen unserer Arbeiten konnten wir große Fortschritte bei der Erforschung der Funktionen von SERRATE und dem CBC erzielen. Unsere Ergebnisse zeigen, dass: SERRATE und der CBC die pri-miRNA und mRNA-Prozessierung (Spleißen) regulieren; SERRATE und der CBC die Akkumulation von RNAs kontrollieren, die von Transposons erzeugt wird; SERRATE direkt mit der CBC Untereinheit CBP20 interagiert; SERRATE direkt mit LUCrl, einem Teil des U1-snRNPs interagiert; SERRATE direkt mit RACK1 interagiert (wir haben im Rahmen unserer Arbeiten gezeigt, dass RACK1 eine neue Komponente der miRNA-Biogense ist); Pri-miRNA nur dann in reife miRNA prozessiert werden, wenn sie durch Pol II transkribiert werden. Dazu werden weitere spannende Experimente durchgeführt (LUC7, Aufreinigung con SERRATE-Komplexen).

Publications

• (2008) Dual roles of the nuclear cap-binding complex and SERRATE in pre-mRNA splicing and microRNA processing in Arabidopsis thaliana. PNAS 105, 8795-8800. Comment in: PNAS 2008, 105: 8489-8490
  Laubinger, S., Sachsenberg, T., Zeller, G., Busch, W., Lohmann, J. U., Rätsch, G., and Weigel, D.
  (See online at https://doi.org/10.1073/pnas.0802493105)
• (2009) Stress-induced changes in the Arabidopsis thaliana transcriptome analyzed using whole genome tiling arrays. The Plant Journal 58, 1068-1082
  Zeller, G., Henz, S., Widmer, C. K., Sachsenberg. T., Rätsch. G., Weigel, D., and Laubinger, S.
  (See online at https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2009.03835.x)
• (2010) Global effects of the small RNA biogenesis machinery on the Arabidopsis transcriptome. PNAS 107, 17466-17473
  Laubinger, S., Zeller, G., Henz, S.R., Buechel, S., Sachsenberg, T., Wang, J.W., Rätsch, G., and Weigel, D.
  (See online at https://doi.org/10.1073/pnas.1012891107)
• (2011) Support vector machines-based identification of alternative splicing in Arabidopsis thaliana from whole-genome tiling arrays. BMC Bioinformatics16, 55
  Eichner, J., Zeller, G., Laubinger, S. and Rätsch G.
  (See online at https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-55)