Ionenfallen-Massenspektrometer mit ETD

• Fachliche Zuordnung: Grundlagen der Biologie und Medizin
• Förderung: Förderung in 2009
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 90805285

• Erstellungsjahr: 2012

Zusammenfassung der Projektergebnisse

Das Ionenfallen-Massenspektrometer mit ETD (Agilent 6340) wird seit Juni 2009 in der Core Facility Proteomics des Zentrums für Biosystemanalyse (ZBSA) der Universität Freiburg betrieben. Es ist online an ein Chip-HPLC-System gekoppelt. Dieses Gerät wird häufig in Kombination mit anderen Agilent-Geräten, die mit dem gleichen Chip-HPLC-System (insbesonder Q-TOF-MS) ausgestattet sind, eingesetzt. Es wird zum überwiegenden Teil im Rahmen von Kooperationsprojekten innerhalb der Universität Freiburg genutzt. Darüber hinaus vorhandene Messzeit wird für Messungen im Rahmen von Versuchen zur Methodenentwicklung eingesetzt. Schwerpunkt der Core Facility Proteomics ist die Analyse posttranslationaler Proteinmodifikationen, insbesondere der Proteinphosphorylierung. Das Ionenfallen-Massenspektrometer mit ETD wird insbesondere zur Identifizierung und Lokalisierung kovalenter Proteinmodifikationen eingesetzt. In Kooperation mit der Arbeitsgruppe von Prof. Aktories wurden z.B. durch Toxine verursachte Proteinmodifikationen (z.B. ADP-Ribosylierung, Desamidierung) analysiert. In zahlreichen Kooperationen wurden Phosphorylierungsstellen an affinitätsgereinigten Proteinen (z.B. B-Raf, PER2, Daf-16) identifiziert und quantitativ (z.B. mittels SILAC oder N-15-Labeling) analysiert. Weitere posttranslationale Modifikationen, die bislang analysiert wurden sind z.B. Acetylierung, Formylierung, Methylierung, Ubiquitinierung, proteolytische Prozessierung, und Hydroxylierung. Insbesondere die ETD-Option dieses Gerätes war in einer Reihe von Projekten für die erfolgreiche Identifizierung und Lokalisierung von Modifikationen von entscheidendem Nutzen. Ein weiterer Schwerpunkt in der Core Facility Proteomics ist die Identifizierung von Interaktionspartnern, für welche häufig das Ionenfallen-Massenspektrometer zum Einsatz kommt.

Projektbezogene Publikationen (Auswahl)

• (2009) Dominant-negative Effects of COL7A1 Mutations Can be Rescued by Controlled Overexpression of Normal Collagen VII. J Biol Chem 284: 30248-30256
  Fritsch A, Spassov S, Elfert S, Schlosser A, Gache Y, Meneguzzi G, and Bruckner-Tuderman L
  
• (2009) Pasteurella multocida toxin activation of heterotrimeric G proteins by deamidation. P Natl Acad Sci USA 106: 7179-7184
  Orth JHC, Preuss I, Fester I, Schlosser A, Wilson, BA and Aktories, K
  
• (2010) Ectodomain Shedding Generates Neoepitopes on Collagen XVII, the Major Autoantigen for Bullous Pemphigoid. J Immunol 185: 4938-4947
  Nishie W, Lamer S, Schlosser A, Licarete E, Franzke CW, Hofmann SC, Jackow J, Sitaru C, and Bruckner-Tuderman L
  
• (2010) Metal ion-mobilizing additives for comprehensive detection of femtomole amounts of phosphopeptides by reversed phase LC-MS. Amino Acids 41(2): 311-320
  Seidler J, Zinn N, Haaf E, Boehm ME, Winter D, Schlosser A, Lehmann WD
  
• (2010) Photorhabdus luminescens Toxins ADP-Ribosylate Actin and RhoA to Force Actin Clustering. Science 327: 1139-1142
  Lang AE, Schmidt G, Schlosser A, Hey TD, Larrinua IM, Sheets JJ, Mannherz HG, Aktories K
  
• (2010) Production of biologically active recombinant human Factor H in Physcomitrella. Plant Biotech J 9(3): 373-383
  Büttner-Mainik A, Parsons J, Jérôme H, Hartmann A, Lamer S, Schaaf A, Schlosser A, Zipfel PF, Reski R, Decker EL
  
• (2010) SnAvi - a new tandem tag for highaffinity protein-complex purification. Nucl Acid Res 38: e91
  Schaffer U, Schlosser A, Muller KM, Schafer A, Katava N, Baumeister R, Schulze E
  
• (2011) Aminoacyl-tRNA- Charged Eukaryotic Elongation Factor 1A Is the Bona Fide Substrate for Legionella pneumophila Effector Glucosyltransferases. Plos One 6(12): e29525
  Tzivelekidis T, Jank T, Pohl C, Schlosser A, Rospert S, Knudsen CR, Rodnina MV, Belyi Y, Aktories K
  
• (2012) Peptide and Protein Quantitation by Acid-Catalyzed 18O-Labeling of Carboxyl Groups. Anal Chem 84(1): 304-311
  Haaf E and Schlosser A
  
• (2012) Quantitative Proteomic Analysis of the Hfq-Regulon in Sinorhizobium meliloti 2011. PLoS ONE 7(10): e48494
  Sobrero P, Schluter JP, Lanner U, Schlosser A, Becker A, Valverde C
  
• (2012) Substrate specificity of Pasteurella multocida toxin for subunits of heterotrimeric G proteins. The FASEB Journal article fj.12-213900. November 12, 2012
  Orth JHC, Fester I, Siegert P, Weise M, Lanner U, Kamitani S, Tachibana T, Wilson BA, Schlosser A, Horiguchi Y, Aktories K
  
• (2012) The single NqrB and NqrC subunits in the Na+-translocating NADH: Quinone oxidoreductase (Na+-NQR) from Vibrio cholerae each carry one covalently attached FMN. Biochimica et Biophysica Acta 1817(10):1817-1822
  Casutt MS, Schlosser A, Buckel W, Steuber J