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Professor Dr. Rolf Backofen

Adresse Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
Institut für Informatik
Lehrstuhl für Bioinformatik
Georges-Köhler-Allee 106
79110 Freiburg

Projekte

Als Antragsteller
- laufende Projekte
  - Einfluss von RNA-bindenden Proteinen und mRNA-Strukturen auf alternative Translation-Regulationsmechanismen im entzündlichen Tumorgeschehen (Sachbeihilfen)
  - Ribosomenprofiling und Bioinformatik (Schwerpunktprogramme)
  - Frühe Determinanten der Differenzierung von Heterozysten in Multizellulären Cyanobakterien (Schwerpunktprogramme)
- abgeschlossene Projekte
  - Algorithmic determination of whether a protein`s cysteine residue can be replaced by selenocysteine by silent/similiar pointwise mutagenesis in DNA/RNA. Intended application to phase determination in X-ray crystallography and NMR spectroscopy. (Schwerpunktprogramme)
  - Computational Detection of Bacterial ncRNAs and their Targets (Schwerpunktprogramme)
  - Extending the theory of Algebraic Dynamic Programming for applications in bioinformatics (Sachbeihilfen)
  - Ein Flexibles und effizientes System für RNA Sequenz-Struktur-Motiven (Sachbeihilfen)
  - MiRNA and RNA-binding proteins as integral part of cell communication:context-based target prediction and validation (Schwerpunktprogramme)
  - Bioinformatische Analyse von CRISPR-Elementen (Forschungsgruppen)
  - ATP - Automatisierte intra-annuelle Jahrringanalyse für Dendroökologische Forschung (Sachbeihilfen)
  - Die Populationsgenetik des CRISPR-Cas-Systems in Bakterien (Schwerpunktprogramme)
  - eCLASH: Definition des Interactomes kleiner RNA (Sachbeihilfen)
  - Vorhersage von RNA-RNA Interaktionen durch kinetische Modellierung. (Sachbeihilfen)
  - Funktionelle Charakterisierung der nicht-kodierenden RNA Pantr1 in der FOXG1-abhängigen Vorderhirnentwicklung und im Rett-Syndrom (Schwerpunktprogramme)
  - Z-Projekt “CRISPR Bioinformatik” (Schwerpunktprogramme)
Als Leiter
- abgeschlossene Projekte
  - High-Performance Computing (HPC) Cluster (Forschungsgroßgeräte)
Als beteiligter Wissenschaftler
- laufende Projekte
  - GRK 2344: MeInBio - BioInMe: Untersuchung räumlicher und zeitlicher Dynamik der Genregulation mit hochauflösenden Hochdurchsatzverfahren (Graduiertenkollegs)
Als Teilprojektleiter
- laufende Projekte
  - Bioinformatik Core (Transregios)
  - Ein effektiver Ähnlichkeitsintegrationsansatz für multimodale neuronale Netze zur verbesserten Priorisierung von Krankheitsgenen (Sonderforschungsbereiche)
  - Ermöglichung der effektiven und sicheren Anwendung des CRISPR/Cas-Systems in primären Humanzellen mittels Deep-Learning-basierter Vorhersagealgorithmen auf der Basis gut untersuchter Zelltypen (Sonderforschungsbereiche)
  - Integriertes Graduiertenkolleg (Sonderforschungsbereiche)
  - Sequenzierung und Bioinformatik (Sonderforschungsbereiche)
- abgeschlossene Projekte
  - Alternative Splicing as a Modulator of Signal Transduction (Sonderforschungsbereiche)
  - Tiefensequenzierung / Bioinformatik (Sonderforschungsbereiche)
Als Beteiligte Person
- laufende Projekte
  - DataPLANT – Daten in Pflanzen-Grundlagenforschung (Nationale Forschungsdateninfrastruktur Fach- und Methodenkonsortien)
Als Kooperationspartner
- abgeschlossene Projekte
  - Das CRISPR/Cas-System in Neisseria meningitidis und sein potentieller Einfluss auf die Wirtszelladhäsion (Schwerpunktprogramme)

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