Modelling frictional forces in protein dynamics (A07)

• Subject Area: Biophysics
• Term: from 2010 to 2012
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 111166240

Aufgrund der Hydrierung und des hohen Grads der Verschlaufung der Polypeptidketten während Proteinfaltungs-, -assemblierungs- oder auch Transportvorgängen, dominieren Reibungskräfte die Response von Proteinen auf externe Störungen. Das Ziel dieses Projekts ist ein theoretisches Studium von intra-Ketten-Reibung sowie Lösungsmittel-induzierter Reibung in Proteinen, um ein detailliertes, mikroskopisches Verständnis biomolekularer Mechanik zu erreichen. In enger Zusammenarbeit mit den Experimenten aus den Projekten A2, A6 und A8 werden wir die dynamische und kinetische Response von Proteinfragmenten untersuchen. Dabei werden atomistische und coarse-grained Computersimulationen zum Einsatz kommen, die schlussendlich zu einer reduzierten Fokker-Planck-Beschreibung der Diffusion in einer schematischen, rauen Energielandschaft führen werden.

• DFG Programme: Collaborative Research Centres
• Subproject of: SFB 863: Forces in Biomolecular Systems
• Applicant Institution: Technische Universität München (TUM)
• Project Heads: Professor Dr. Joachim Dzubiella, until 6/2010; Professor Dr. Roland Netz, from 7/2010 until 7/2011