Evolutionary innovations - a case study on chromatin insulators (C04)

• Subject Area: Evolutionary Cell and Developmental Biology (Zoology)
• Term: from 2006 to 2017
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 13532522

Ausgehend von den algorithmischen Vorarbeiten zu alignment-freiem Genomvergleich durch küzeste eindeutige substrings (shustrings), soll die Theorie von shustrings weiterentwickelt und in Populationsgenetik und komparativer Genomik angewendet werden. Insbesondere sollen mit Hilfe von shustrings neue Tests für positive Selektion entwickelt werden, die nicht nur das Frequenzspektrum von Polymorphismen, sondern auch deren räumliche Verteilung auf einem Chromosom ausnutzen. Mit Hilfe von shustrings lassen sich effizient Phylogenien kompletter Genome rekonstruieren und der Grad von Homologie zwischen Sequenzen quantifizieren. Wir werden diese Methode weiterentwickeln, um durch Genomvergleich in Bakterien die Raten von horizontaler und vertikaler Evolution und deren relative Rolle für spezies- oder stammspezifische Adaptation zu bestimmen.

• DFG Programme: Collaborative Research Centres
• Subproject of: SFB 680: Molecular Basis of Evolutionary Innovations
• Applicant Institution: Universität zu Köln
• Project Head: Professor Dr. Thomas Wiehe