Simulation der Dynamik und Deformierbarkeit von Nukleinsäuren bei Proteinbindung und Schadenserkennung (C05)

• Fachliche Zuordnung: Biochemie
• Förderung: Förderung von 2011 bis 2019
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 27112786

Schäden in DNA werden durch Reparaturenzyme oft indirekt durch eine sequenz- oder schadensspezifische Deformierbarkeit der DNA erkannt. In den geplanten Simulationsstudien sollen mögliche Deformationen von DNA durch Moleküldynamiksimulationen systematisch untersucht werden. Dabei soll die globale Struktur eines DNA-Segments durch Vorgabe der helikalen Geometrie der angrenzenden DNA-Bereiche systematisch variiert werden. Die damit verbundenen Änderungen der freien Energie sollen durch Umbrella-Sampling-Simulationen berechnet werden. Darüber hinaus soll auch die Kinetik von Konformationsänderungen durch gewichtete Ensemble-Simulationen studiert werden. Als Modellsysteme dienen geschädigte DNA-Moleküle, die von den Reparaturenzymen MutM, XPA/Rad14 und Photolyasen erkannt werden und experimentell im SFB749 untersucht werden.

• DFG-Verfahren: Sonderforschungsbereiche
• Teilprojekt zu: SFB 749: Dynamik und Intermediate molekularer Transformationen
• Antragstellende Institution: Ludwig-Maximilians-Universität München
• Mitantragstellende Institution: Technische Universität München (TUM)
• Teilprojektleiter: Professor Dr. Martin Zacharias