Analyse von nicht-Protein kodierenden Risikoregionen beim Mammakarzinom

• Antragstellerin: Dr. Michelle Rath
• Fachliche Zuordnung: Gynäkologie und Geburtshilfe
• Förderung: Förderung von 2011 bis 2013
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 210339680

Eines der wichtigsten Ziele von genetischen Assoziationsstudien ist es, Gene und biologische Zusammenhänge zu identifizieren, die mit der Entstehung von Krankheiten in Verbindung stehen. Mit Hilfe von genomweiten Assoziationsstudien konnten häufig vorkommende, genetische Varianten identifiziert werden, die signifikant mit komplexen Erkrankungen wie z.B. Krebs verbunden sind. Die meisten dieser Varianten liegen jedoch außerhalb Protein-kodierender Regionen im Genom. Die funktionelle Bedeutung dieser Varianten zu verstehen, wird eine der nächsten großen Herausforderung in der Humangenetik darstellen. Eine elementare Hypothese diesbezüglich ist, dass viele dieser Risikoregionen noch bisher unbekannte Transkripte und/oder regulatorische Elemente beinhalten. Die funktionelle Analyse dieser bisher wenig verstandenen Regionen könnte demnach neue Einblicke in die Prävention und/oder Behandlung von Brustkrebs geben. Das übergeordnete Ziel dieses Projektes ist es, systematisch die nicht-Protein kodierenden Regionen des Genoms und ihren Beitrag zur Brustkrebsentstehung zu analysieren. Als erstes Ziel werden Merkmale in Brustkrebs-Risikoregionen, die auf regulatorische Elemente hinweisen, mittels Chromatin-Immunopräzipitation und Hochdurchsatz-Sequenzierung (ChIP-seq) identifiziert. Es werden Brustzelllinien auf eine Gruppe von epigenetischen Markern gestestet, um diese Regionen als Promoter und/oder Enhancer zu identifizieren. Ein zweites Ziel ist die funktionelle Charakterisierung von Brustkrebsregionen. Hierbei werden funktionell Kandidatengene identifiziert, die durch Brustkrebs-Risikoregionen beeinflusst werden. Mittels “HI- C“ und „SureSelect“ sollen dabei Loci aufgedeckt werden die physisch mit den Risikoregionen interagieren. Das Ziel dieses Projektes soll zu einem zunehmenden Verständnis der biologischen Mechanismen führen, die der Genetik des Mammakarzinomes zugrunde liegen.

• DFG-Verfahren: Forschungsstipendien
• Internationaler Bezug: USA
• Gastgeber: Professor Dr. Matthew Freedman