Triple-Quadrupol-Massenspektrometer mit gekoppelter HPLC-Anlage

• Fachliche Zuordnung: Grundlagen der Biologie und Medizin
• Förderung: Förderung in 2014
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 244428347

• Erstellungsjahr: 2021

Zusammenfassung der Projektergebnisse

Das Triple-Quadrupol Massenspektrometer wurde genutzt, um systematisch nach neuen posttranslationalen Modifikationen zu suchen. Dabei lag der Fokus auf Acylierungen von Lysinseitenketten. In den vergangenen Jahren sind mehr als 20 verschiedene Acylreste identifiziert worden und wir haben weitere neue Modifikationen, wie Lactoyl-Lysin, Pyruvoyl-Lysin, N-Methyl-N-Succinyl-Lysin oder 3-Hydroxy-3-Methyl-Glyutaryl-Lysin, gefunden. Dazu wurden im Vorfeld entsprechend modifizierte Peptide generiert und deren Fragmentierung unter Verwendung des obigen Gerätes analysiert. Nach Kenntnis spezifischer Fragmente konnte in biologischen Proben gezielt nach diesen Modifikationen gesucht werden.

Projektbezogene Publikationen (Auswahl)

• Continuous Activity Assay for HDAC11 Enabling Reevaluation of HDAC Inhibitors. ACS Omega, 4(22), 19895-19904.
  Kutil, Zsófia; Mikešová, Jana; Zessin, Matthes; Meleshin, Marat; Nováková, Zora; Alquicer, Glenda; Kozikowski, Alan; Sippl, Wolfgang; Bařinka, Cyril & Schutkowski, Mike
  
• One-Atom Substitution Enables Direct and Continuous Monitoring of Histone Deacylase Activity. Biochemistry, 58(48), 4777-4789.
  Zessin, Matthes; Kutil, Zsófia; Meleshin, Marat; Nováková, Zora; Ghazy, Ehab; Kalbas, Diana; Marek, Martin; Romier, Christophe; Sippl, Wolfgang; Bařinka, Cyril & Schutkowski, Mike
  
• New Approaches for Absolute Quantification of Stable‐Isotope‐Labeled Peptide Standards for Targeted Proteomics Based on a UV Active Tag. PROTEOMICS, 20(10).
  Schnatbaum, Karsten; Solis‐Mezarino, Victor; Pokrovsky, Daniil; Schäfer, Frederike; Nagl, Dennis; Hornberger, Lars; Zerweck, Johannes; Knaute, Tobias; Avramova‐Nehmer, Julia; Schutkowski, Mike; Hornung, Veit; Wenschuh, Holger; Völker‐Albert, Moritz Carl; Imhof, Axel & Reimer, Ulf
  
• First 3D-Structural Data of Full-Length Guanylyl Cyclase 1 in Rod-Outer-Segment Preparations of Bovine Retina by Cross-Linking/Mass Spectrometry. Journal of Molecular Biology, 433(10), 166947.
  Rehkamp, Anne; Tänzler, Dirk; Tüting, Christian; Kastritis, Panagiotis L.; Iacobucci, Claudio; Ihling, Christian H.; Kipping, Marc; Koch, Karl-Wilhelm & Sinz, Andrea