Triple-Quadrupol-Massenspektrometer mit gekoppelter HPLC-Anlage

• Subject Area: Basic Research in Biology and Medicine
• Term: Funded in 2014
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 244428347

• Final Report Year: 2021

Final Report Abstract

Das Triple-Quadrupol Massenspektrometer wurde genutzt, um systematisch nach neuen posttranslationalen Modifikationen zu suchen. Dabei lag der Fokus auf Acylierungen von Lysinseitenketten. In den vergangenen Jahren sind mehr als 20 verschiedene Acylreste identifiziert worden und wir haben weitere neue Modifikationen, wie Lactoyl-Lysin, Pyruvoyl-Lysin, N-Methyl-N-Succinyl-Lysin oder 3-Hydroxy-3-Methyl-Glyutaryl-Lysin, gefunden. Dazu wurden im Vorfeld entsprechend modifizierte Peptide generiert und deren Fragmentierung unter Verwendung des obigen Gerätes analysiert. Nach Kenntnis spezifischer Fragmente konnte in biologischen Proben gezielt nach diesen Modifikationen gesucht werden.

Publications

• Continuous Activity Assay for HDAC11 Enabling Reevaluation of HDAC Inhibitors. ACS Omega, 4(22), 19895-19904.
  Kutil, Zsófia; Mikešová, Jana; Zessin, Matthes; Meleshin, Marat; Nováková, Zora; Alquicer, Glenda; Kozikowski, Alan; Sippl, Wolfgang; Bařinka, Cyril & Schutkowski, Mike
  
• One-Atom Substitution Enables Direct and Continuous Monitoring of Histone Deacylase Activity. Biochemistry, 58(48), 4777-4789.
  Zessin, Matthes; Kutil, Zsófia; Meleshin, Marat; Nováková, Zora; Ghazy, Ehab; Kalbas, Diana; Marek, Martin; Romier, Christophe; Sippl, Wolfgang; Bařinka, Cyril & Schutkowski, Mike
  
• New Approaches for Absolute Quantification of Stable‐Isotope‐Labeled Peptide Standards for Targeted Proteomics Based on a UV Active Tag. PROTEOMICS, 20(10).
  Schnatbaum, Karsten; Solis‐Mezarino, Victor; Pokrovsky, Daniil; Schäfer, Frederike; Nagl, Dennis; Hornberger, Lars; Zerweck, Johannes; Knaute, Tobias; Avramova‐Nehmer, Julia; Schutkowski, Mike; Hornung, Veit; Wenschuh, Holger; Völker‐Albert, Moritz Carl; Imhof, Axel & Reimer, Ulf
  
• First 3D-Structural Data of Full-Length Guanylyl Cyclase 1 in Rod-Outer-Segment Preparations of Bovine Retina by Cross-Linking/Mass Spectrometry. Journal of Molecular Biology, 433(10), 166947.
  Rehkamp, Anne; Tänzler, Dirk; Tüting, Christian; Kastritis, Panagiotis L.; Iacobucci, Claudio; Ihling, Christian H.; Kipping, Marc; Koch, Karl-Wilhelm & Sinz, Andrea