Multiskalensimulationen und NMR-Spektroskopie an Ubiquitinketten: Verknüpfungschemie und Ketteneigenschaften (B09*)

• Fachliche Zuordnung: Biophysik
• Förderung: Förderung von 2016 bis 2023
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 189682160

Ziel dieses Projekts ist die Aufklärung der intrinsischen Eigenschaften unterschiedlich verknüpfter Ubiquitinketten, welche das Schicksal ubiquitinierter Proteine bestimmen. Durch einen synergistischen Einsatz von hochauflösender NMR-Spektroskopie und Multiskalen Molekulardynamik Simulationen werden wir Informationen über Struktur, Dynamik und Wechselwirkungen von Ubiquitinketten unterschiedlicher Länge und Verknüpfungstypen in atomarer Auflösung erhalten. Eine Stärke des Antrages liegt in der experimentellen Zugänglichkeit von Ubiquitintri- und -tetrameren bei denen einzelne Ubiquitineinheiten hochspezifisch isotopenmarkiert sind. Dies wird uns erlauben, die Zugänglichkeit von Interaktionsoberflächen und die Wechselwirkung mit Bindungspartnern zu untersuchen und Schlussfolgerungen zu ziehen, wie Kettenlänge und Verknüpfungsart zur hochspezifischen Erkennung durch andere Proteine beiträgt. Der kombinierte Zugang mittels NMR-Spektroskopie und Multikalensimulation liefert einen neuartigen Ansatz für die Untersuchung der Ubiquitinierung, einem der grundlegenden Prozesse der Proteostase.

• DFG-Verfahren: Sonderforschungsbereiche
• Teilprojekt zu: SFB 969: Chemische und biologische Prinzipien der zellulären Proteostase
• Antragstellende Institution: Universität Konstanz
• Teilprojektleiterinnen / Teilprojektleiter: Professor Dr. Michael Kovermann; Professorin Dr. Christine Peter