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Projekt
Core Unit - Genom Signaturen und integrierte Systembiologie der Pathogen-Wirts Interaktion
Antragsteller
Professor Dr. Alexander Goesmann; Privatdozent Dr. Torsten Hain; Professor Dr. Mario Looso; Dr. Jochen Wilhelm
Fachliche Zuordnung
Klinische Infektiologie und Tropenmedizin
Förderung
Förderung seit 2016
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 284237345
Das Verständnis zellspezifischer genregulatorischer Prozesse und ihrer Auswirkungen auf zelluläre Netzwerke in infizierten Lungen erfordert eine integrative Plattform, die Hochdurchsatz-Transkriptom-, Genomik- und Epigenetik-Daten und Analysen von primären Lungenzellen, Organoiden und Geweben einschließlich aufgereinigter Zellpopulationen, auch von seltenen Subpopulationen, sowie Tools zur Datenauswertung liefert. Dabei bietet das Teilprojekt Z1 Service und Unterstützung bei Analyse von murinen und humanen Lungenproben einschließlich Patientenproben für alle KFO-Projekte an. Hierzu gehören automatisierte Probenvorbereitung zur Sequenzierung, Transkriptom- und miRNA-Analysen mittels Microarrays, sowie Next-Generation-Sequenzierung, einschließlich modernster Methoden im Bereich der Einzelzell-RNA-Sequenzierung für Transkriptomik und Epigenomik sowie Mikrobiom-/Metagenomanalysen. In diesem Zusammenhang wird das Z1-Projekt weiterhin die strukturierte Erfassung und Speicherung der erzeugten experimentellen Daten für alle KFO-Partner unter Berücksichtigung der FAIR-Prinzipien unterstützen. Darüber hinaus wird allen KFO-Mitgliedern ein umfassendes Portfolio an bioinformatischen Softwarelösungen und Datenbanken angeboten, um standardisiert und hochautomatisiert auf Datensätze zuzugreifen, diese zu verarbeiten, zu integrieren und zu analysieren. Schließlich wird Z1 auch weiterhin alle KFO-Mitglieder bei der Planung von Experimenten, der statistischen Analyse sowie der Interpretation und Veröffentlichung der Ergebnisse unterstützen.
DFG-Verfahren
Klinische Forschungsgruppen
