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Projekt
Bioinformatik und integrative Analyse von Epigenom-Daten
Antragstellerinnen / Antragsteller
Professor Dr. Benedikt Brors; Sadaf Mughal, Ph.D.
Fachliche Zuordnung
Hämatologie, Onkologie
Förderung
Förderung seit 2017
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 336840530
Mit diesem Teilprojekt, Z02, stellen wir eine zentrale Plattform für die bioinformatische Analyse von Daten aus Sequenzierungsexperimenten zur Verfügung. Das schließt Gesamtgenom- und Gesamtexom-Sequenzierungen, Chromatin-Immunpräzipitation mit Sequenzierung, RNA-Sequenzierung und Bisulfit-Sequenzierung ebenso mit ein wie Messungen der DNA-Methylierung mit Microarrays. Wir werden weiterhin das zentrale Datenkoordinationszentrum für die Forschergruppe betreiben und dafür intergrative Analysestrategien entwickeln. Wir werden auch Workflows zur Analyse von Daten aus Einzelzellsequenzierungen weiterentwickeln, insbesondere zur automatischen Zuweisung von Zelltypen auf der Grundlage von Informationen zu Markergen-Expressionen, und Methoden so erweitern, dass sie auch auf scM&T-seq-Daten, und ChIL-seq Daten anwendbar sind. Weiterhin werden wir eine Konsensus-Karte der zugänglichen Bereiche im Chromatin erstellen. Datenintegration wird es erlauben, die verschiedenen Ebenen epigenetischer Regulation in Alterung und AML zu entwirren, und wir werden mit bioinformatischen Methoden Modelle für genregulatorische Netzwerke erstellen. Wir werden auf der Grundlage von Sequenzierungsdaten die Struktur und Länge von Telomeren untersuchen und mithilfe von Informationen aus scRNA-Sequenzierungen Kopienzahlaberrationen bestimmen, um die klonale Entwicklung von Einzelzellen zu verfolgen. Dies Alles geschieht in enger Abstimmung mit den Teilprojekten Z01 und A03-A09, um die Prozesse in der Alterung hämatopoietischer Zellen und der Leukämogenese besser zu verstehen.
DFG-Verfahren
Forschungsgruppen
