Entschlüsselung der Funktionen menschlicher "Exon-Junction Complexes"
Bioinformatik und Theoretische Biologie
Zusammenfassung der Projektergebnisse
In diesem Projekt haben wir Zellen analysiert, die reduzierte Mengen des Exon Junction Complex (EJC), sowie seiner assoziierten Faktoren (PNN, RNPS1, SAP18) aufweisen. Der EJC ist wichtiger Regulator verschiedener Prozesse in der Genexpressio). Transkriptom-weite Analysen von EJC- und RNPS1-Knockdowns legen nahe, dass RNPS1 den zellulären Qualitätskontrollprozess des Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) nur moderat beeinflusst, jedoch nicht unbedingt für die NMD-Aktivität essentiell ist. Die Hauptfunktion von RNPS1 liegt eher in der Regulation des Spleißens und der Verhinderung abnormaler Spleiß-Ereignissen unter Verwendung kryptischer Spleißstellen. Zusätzlich haben wir eine Analyse von Zellen ohne CASC3 durchgeführt, einem weiteren mit dem EJC assoziierten Faktor, und seine Verbindung zur NMD-Maschinerie untersucht. Diese Arbeit zeigte eine Stabilisierung von NMD-Substraten und identifizierte spezifische Transkripte, die von CASC3 reguliert werden. Zusätzlich haben wir im Rahmen dieses Antrags Studien an Proben mit inhibiertem NMD untersucht. Die daraus gewonnen Daten werden derzeit noch analysiert.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
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CASC3 promotes transcriptome-wide activation of nonsense-mediated decay by the exon junction complex. Nucleic Acids Research, 48(15), 8626-8644.
Gerbracht, Jennifer V.; Boehm, Volker; Britto-Borges, Thiago; Kallabis, Sebastian; Wiederstein, JanicaL; Ciriello, Simona; Aschemeier, Dominik U.; Krüger, Marcus; Frese, Christian K.; Altmüller, Janine; Dieterich, Christoph & Gehring, NielsH
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SMG5-SMG7 authorize nonsense-mediated mRNA decay by enabling SMG6 endonucleolytic activity. Nature Communications, 12(1).
Boehm, Volker; Kueckelmann, Sabrina; Gerbracht, Jennifer V.; Kallabis, Sebastian; Britto-Borges, Thiago; Altmüller, Janine; Krüger, Marcus; Dieterich, Christoph & Gehring, Niels H.
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Exon junction complex-associated multi-adapter RNPS1 nucleates splicing regulatory complexes to maintain transcriptome surveillance. Nucleic Acids Research, 50(10), 5899-5918.
Schlautmann, Lena P.; Lackmann, Jan-Wilm; Altmüller, Janine; Dieterich, Christoph; Boehm, Volker & Gehring, NielsH
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Human UPF3A and UPF3B enable fault‐tolerant activation of nonsense‐mediated mRNA decay. The EMBO Journal, 41(10).
Wallmeroth, Damaris; Lackmann, Jan‐Wilm; Kueckelmann, Sabrina; Altmüller, Janine; Dieterich, Christoph; Boehm, Volker & Gehring, Niels H.
