CP2 Unterstützungsplattform für biomedizinische Informatik (BISP)

• Antragstellerinnen / Antragsteller: Professor Dr. Tim Beißbarth; Dr. Gabriela Salinas; Professor Dr. Ulrich Sax
• Fachliche Zuordnung: Gastroenterologie ; Medizininformatik und medizinische Bioinformatik
• Förderung: Förderung seit 2020
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 426671079

Die Unterstützungsplattform für biomedizinische Informatik (BISP) von CP2 unterstützt die translationalen Forschungsbemühungen von CRU5002 durch drei Schlüsselkomponenten: 1. Ziel ist die Entwicklung einer Infrastruktur zur Erleichterung der Datenverwaltung sowohl klinischer als auch Forschungsdaten. 2. Es implementiert modernste Sequenzierungsmethoden und fortschrittliche Analysetechniken. 3. Es bietet eine breite Palette an Bioinformatik- Pipelines und Expertenberatung, um Datenanalyse und effektive Datenintegration zu ermöglichen. Während der ersten Förderperiode hat CP2 bemerkenswerte Ergebnisse in allen drei Bereichen erzielt: 1. Ein SEEK-basiertes System, das maßgeblich zur Verwaltung und Bereitstellung zugänglicher Daten für alle CRU5002-Mitglieder beiträgt, sowie eine lokale cBioPortal-Plattform, die eine effiziente Integration von experimentellen und experimentellen Daten ermöglicht klinische Daten. 2. Die Etablierung innovativer Einzelzell- Omics-Methoden, die speziell für Proben von Bauchspeicheldrüsenkrebs (PDAC) entwickelt und optimiert wurden, hat technische Einschränkungen überwunden. 3. Integration modernster bioinformatischer Techniken mit besonderem Schwerpunkt auf PDAC-Subtypisierung, Genomdynamik und Genregulationsnetzwerken, die die Fähigkeiten des CRU5002 erheblich gestärkt hat, kritische Herausforderungen angeht und spannende Möglichkeiten für zukünftige Fortschritte bietet. Unser Fokus liegt auf der umfassenden Charakterisierung genomischer Konkordanzen und Unterschiede zwischen primären PDAC-, PDO-, PDX- und CDX-Modellen. Dieser Schwerpunkt wird auch in der VORSCHAU - NOCH NICHT GESENDET zweiten Förderperiode bestehen bleiben erweitert auf die Integration funktionaler Daten aus translationalen PDAC-Modellen. CP2 wird die zentralisierten Plattformen und NGS-Methoden kontinuierlich pflegen und weiterentwickeln, neue Methoden und Standards für die Datengenerierung und integrative Datenanalyse einrichten, einschließlich Beratung und Schulung für diese Plattformen und Methoden. Wir werden weitere neue Sequenzierungsstrategien in der Einzelzell-Omics entwickeln und anwenden. Wir werden zusätzliche Datenanalyse-Pipelines und -Methoden für Genregulationsnetzwerke und zur Analyse der Genomdynamik entwickeln. Um die Umsetzung der CRU5002-Ergebnisse in die klinische Praxis voranzutreiben, wird ein weiterer Schwerpunkt auf der Integration experimenteller und klinischer Daten liegen. Daher katalysiert CP2 nicht nur die Zusammenarbeit mit und zwischen den SPs und CP1, sondern ist auch entscheidend für das erfolgreiche Gesamtziel von CRU5002, eine stratifizierungsbasierte PDAC-Therapie auf der Grundlage der Genomdynamik zu implementieren.

• DFG-Verfahren: Klinische Forschungsgruppen
• Teilprojekt zu: KFO 5002: Charakterisierung und Targeting der Genomdynamik für eine Subtyp-spezifische Therapie des Pankreaskarzinoms