Unterstützung für die Bildsegmentierung

• Antragstellerin: Dr. Anna Kreshuk, Ph.D.
• Fachliche Zuordnung: Zell- und Entwicklungsbiologie der Pflanzen ; Bild- und Sprachverarbeitung, Computergraphik und Visualisierung, Human Computer Interaction, Ubiquitous und Wearable Computing
• Förderung: Förderung seit 2020
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 318879394

Eine Errungenschaft der ersten Förderperiode war die Entwicklung von Methoden zur effizienten Segmentierung von Mikroskopbildern, die von den Biologen des RU erstellt wurden. Trotz der Vielseitigkeit der entwickelten Methoden ist eine individuelle Anpassung an die Bedürfnisse der einzelnen Biologen erforderlich. Nachdem die Basisalgorithmen etabliert sind und die Segmentierung großer Datensätze in der Praxis möglich geworden ist, wollen alle Gruppen von EVU sie als grundlegenden Baustein in ihrer Analyse verwenden. Aus diesen Gründen wird das zentrale Projekt Z02 in der zweiten Förderphase eine Plattform für die kollaborative Arbeit mit einzelnen Projekten an deren Bildsegmentierung bieten. Z02 wird zentral die Mittel und das Personal bereitstellen, um die Speicherung, Verarbeitung und den Austausch von segmentierten Daten zu rationalisieren. Z02 wird eng mit dem Projekt P03 verbunden sein, das neue Methoden zur genauen Erzeugung und Kuration der segmentierten Bilder entwickelt. Die Bildsegmentierung als Einstiegspunkt für die quantitative Analyse von Zell- oder Gewebeeigenschaften oder die Generierung von Vorlagen für die Modellierung, Z02 wird auch eng mit Z03 "Analytik und Modellierung" verknüpft. Die Interoperabilität zwischen dem Segmentierungswerkzeug (ilastik) und der Analytik (MorphographX) sowie den Modellierungswerkzeugen (MorphodynamX) wird implementiert.

• DFG-Verfahren: Forschungsgruppen
• Teilprojekt zu: FOR 2581: Morphodynamik der Pflanzen