Energie-Optimierung von Workflows in der Bioinformatik (A02)

• Fachliche Zuordnung: Sicherheit und Verlässlichkeit, Betriebs-, Kommunikations- und verteilte Systeme ; Bioinformatik und Theoretische Biologie ; Datenmanagement, datenintensive Systeme, Informatik-Methoden in der Wirtschaftsinformatik
• Förderung: Förderung seit 2020
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 414984028

In vielen bioinformatischen Anwendungen können DAWs durch eine Optimierung des Workflows verbessert werden, wie zum Beispiel durch die verteilte Ausführung von einfach parallelisierbaren Problemen. In der ersten Phase von FONDA haben wir Methoden entwickelt, die einen für eine Infrastruktur A entwickelten Workflow automatisch so umzuschreiben, dass er auch effizient auf einer Infrastruktur B ausgeführt werden kann. Dieses Umschreiben basiert auf den Charakteristika des DAW und denen der Infrastruktur und berücksichtigt auch die Größe der zu analysierenden Daten. In Phase II wird das Teilprojekt ein anderes Optimierungsziel adressieren: die Verbesserung der Nachhaltigkeit von Workflowausführungen eine Senkung ihres Energie-verbrauchs. Dazu werden wir Verfahren und Algorithmen entwickeln, die den Energieverbrauch von Programmen und Workflows präzise schätzen und darauf basierend eine gleichwertige, aber energieeffizientere Variante erzeugen können, die außerdem die persönlichen Präferenzen der Benutzer*in berücksichtigt.

• DFG-Verfahren: Sonderforschungsbereiche
• Teilprojekt zu: SFB 1404: FONDA – Grundlagen von Workflows für die Analyse großer naturwissenschaftlicher Daten
• Antragstellende Institution: Humboldt-Universität zu Berlin
• Teilprojektleiter: Professor Dr. Ulf Leser; Professor Dr. Knut Reinert