Identifizierung neuer genetischer und epigentischer Tumor-Biomarker für Krebs-Evolution und Minimale Resterkrankung (MRD) im peripheren Blut

• Antragstellerin: Dr. Larissa Haertle
• Fachliche Zuordnung: Hämatologie, Onkologie ; Allgemeine Genetik und funktionelle Genomforschung ; Humangenetik
• Förderung: Förderung von 2021 bis 2024
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 493951700

Jeder dritte Mensch wird im Laufe seines Lebens von Krebs betroffen sein. Jedoch hat sich das individuelle Überleben in den letzten Jahren durch eine verbesserte Früherkennung und die neueste Generation von Therapien substantiell verbessert. In vielen Fällen wird Krebs heutzutage als chronische Erkrankung angesehen. Rezidive, auch nach zuvor erfolgreicher Behandlung, werden zumeist von wenigen überlebenden malignen Zellen ausgelöst. Die Quantifizierung dieser verbleibenden Krebszellen nach der Behandlung (Minimale Resterkrankung, MRD) ist eine gute Methode um das Ansprechen von Krebspatienten und den klinischen Erfolg der Therapie zu beurteilen. Next Generation Sequencing (NGS) zur MRD Überwachung ist ein verlässliche neue Technologie. Trotz der hohen Sensitivität und der unbestrittenen klinischen Relevanz, sind für einige Krebs-Arten noch keine geeigneten Biomarker bekannt. Eine individuelle (Patienten-spezifische) Charakterisierung genetischer Marker wie beispielsweise somatische Gen-Mutationen, Gen-Rearrangements, epigenetische Veränderungen oder strukturelle Varianten, hilft sowohl Patienten dabei die Evolution ihrer Erkrankung besser zu verstehen wie auch Ärzten bei Entscheidungen hinsichtlich der besten Medikation. Das Projekt ist dabei sowohl auf hämatologische als auch auf solide Tumore ausgelegt. Dabei wird das Liquid Biopsy Monitoring (Bluttest) ausgedehnt und neue Strategien zur MRD-Überwachung wie beispielweise DNA-Methylierung oder strukturelle Varianten untersucht. Neue Protokolle zur Aufreinigung und Sequenzierung zellfreier DNA (cfDNA) werden etabliert und eine experimentelle Pipeline für MRD im peripheren Blut definiert. DNA Methylierungs- Signaturen werden mittels Deep Bisulfite Sequencings (DBS) und strukturelle Varianten via Nanopore Long Read Sequenzierung analysiert.

• DFG-Verfahren: WBP Stipendium
• Internationaler Bezug: Spanien
• Gastgeber: Professor Dr. Joaquín Martínez-López, Ph.D.