Untersuchung der Chromatin-Zugänglichkeit und der somatischen mitochondrialen DNAMutationslandschaften in einzelnen Zellen während der Entwicklung des Neuroblastoms (A02)

• Fachliche Zuordnung: Bioinformatik und Theoretische Biologie ; Allgemeine Genetik und funktionelle Genomforschung ; Hämatologie, Onkologie ; Humangenetik
• Förderung: Förderung seit 2023
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 493872418

Das Projekt testet die Integration von Einzelzell-Zustandsdaten mit klonaler Inferenz als Strategie zur Identifizierung von klonaler Tumorpopulationsdynamik und genomischer Heterogenität. Es werden Multi-omics-Daten von einzelnen Tumorzellen genutzt, um eine ergänzende Strategie zur Überwachung klonaler Erkrankungen in Flüssigbiopsien zu entwickeln. Chromatinlandschaften und CNVs und mtDNA-Mutationen werden genutzt, um genregulatorische Elemente und Transkriptionsfaktoraktivitäten in Tumor- und Immunzellen zu entschlüsseln und um (sub-)klonale Populationen von sich entwickelnden Tumoren und ihrer immunen Mikroumgebung zu rekonstruieren. Zellfreie mtDNA wird als Methode zur Krankheitsüberwachung evaluiert.

• DFG-Verfahren: Sonderforschungsbereiche
• Teilprojekt zu: SFB 1588: Entschlüsselung evolutionärer Mechanismen beim Neuroblastom
• Antragstellende Institution: Gemeinsam FU Berlin und HU Berlin durch:; Charité - Universitätsmedizin Berlin
• Teilprojektleiterinnen / Teilprojektleiter: Dr. Kerstin Haase, bis 8/2023; Dr. Laleh Haghverdi, seit 9/2023; Dr. Leif Ludwig