Correlation between regulatory DNA sequences and gene expression data based on the comparative analysis of non-coding regions between human and mouse (A01)

• Subject Area: Bioinformatics and Theoretical Biology
• Term: from 2002 to 2013
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5485271

Ras-Onkogen getriebene Signalnetzwerke führen in Tumoren zu Veränderungen des Transkriptoms. Obwohl RAS-abhängige Transkriptionsfaktoren (TF) gut untersucht sind, ist die bioinformatische Vorhersage von Zielgenen bislang schwierig. In A1 sollen quantitative Änderungen von RAS-abhängigen TFs wie z.B. Fra1 experimentell erfasst werden und die zugehörigen DNA Bindungstellen mittels Chip-Sequenzierung ermittelt werden. Mit diesen Informationen sollen Algorithmen zur Erkennung von Bindestellen weiter verbessert und Transkriptionsfaktor-Netzwerke modelliert werden.

• DFG Programme: Collaborative Research Centres
• Subproject of: SFB 618: Theoretical Biology: Robustness, Modularity and Evolutionary Design of Living Systems
• Applicant Institution: Humboldt-Universität zu Berlin
• Co-Applicant Institution: Charité - Universitätsmedizin Berlin; Max-Planck-Institut für molekulare Genetik (MPIMG)
• Project Heads: Professorin Dr. Christine Sers; Professor Dr. Martin Vingron