Korrelation zwischen regulatorischen DNA-Sequenzen und Genexpressionsdaten anhand der vergleichenden Analyse nicht-kodierender Sequenzen von Mensch und Maus (A01)

• Fachliche Zuordnung: Bioinformatik und Theoretische Biologie
• Förderung: Förderung von 2002 bis 2013
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 5485271

Ras-Onkogen getriebene Signalnetzwerke führen in Tumoren zu Veränderungen des Transkriptoms. Obwohl RAS-abhängige Transkriptionsfaktoren (TF) gut untersucht sind, ist die bioinformatische Vorhersage von Zielgenen bislang schwierig. In A1 sollen quantitative Änderungen von RAS-abhängigen TFs wie z.B. Fra1 experimentell erfasst werden und die zugehörigen DNA Bindungstellen mittels Chip-Sequenzierung ermittelt werden. Mit diesen Informationen sollen Algorithmen zur Erkennung von Bindestellen weiter verbessert und Transkriptionsfaktor-Netzwerke modelliert werden.

• DFG-Verfahren: Sonderforschungsbereiche
• Teilprojekt zu: SFB 618: Theoretische Biologie: Robustheit, Modularität und evolutionäres Design lebender Systeme
• Antragstellende Institution: Humboldt-Universität zu Berlin
• Mitantragstellende Institution: Charité - Universitätsmedizin Berlin; Max-Planck-Institut für molekulare Genetik (MPIMG)
• Teilprojektleiterinnen / Teilprojektleiter: Professorin Dr. Christine Sers; Professor Dr. Martin Vingron