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SFB 630:  Erkennung, Gewinnung und funktionale Analyse von Wirkstoffen gegen Infektionskrankheiten

Fachliche Zuordnung Chemie
Biologie
Medizin
Förderung Förderung von 2003 bis 2015
Projektkennung Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 5485822
 
Erstellungsjahr 2015

Zusammenfassung der Projektergebnisse

Das Ziel dieses Sonderforschungsbereichs ist, in einem akademischen Umfeld die Suche nach und Entwicklung von Anti-Infektiva zu unterstützen. Auch wenn zwischenzeitlich diese Thematik auch die Schlagzeilen der Politik weltweit eroberte, hat das zu Grunde liegende Bild sich nicht wesentlich verändert. Infektionskrankheiten sind immer noch die Todesursache Nummer eins in Ländern mit geringen Einkommen. Für einige tropische, mit Armut assoziierte Krankheiten, die sogenannten „vernachlässigten Krankheiten“, wurde von der WHO 2012 ein Plan zu Kontrolle, Eliminierung und Ausrottung entwickelt, der als zentrales Element eine präventive Chemotherapie beinhaltet - es herrscht jedoch immer noch ein Mangel an geeigneten und bezahlbaren Therapeutika. Zudem bilden sich rasend schnell Resistenzen gegen die gebräuchlichen Klassen an antimikrobiellen Wirkstoffen aus und sind mittlerweile auch in hochentwickelten Ländern weit verbreitet. Die WHO warnte 2014, dass ein post-antibiotisches Zeitalter eine sehr reale Möglichkeit für das 21. Jahrhundert ist. Die Suche nach neuen Anti-Infektiva ist folglich heute noch genauso dringend erforderlich wie zu Beginn dieses Sonderforschungsbereiches und verlangt nach wie vor den Einsatz von akademischer Wissenschaft. Wir fokussierten unsere Forschung auf Wirkstoffe gegen Trypanosomen, Leishmanien, Candida, Mykobakterien, Legionellen, Staphylokokken – auch MRSA – Chlamydien und Neisserien. Die großartige interdisziplinäre Zusammenarbeit von Mikrobiologen, Pharmazeuten, Chemikern, Physikern, Medizinern und theoretischen Chemikern und Biologen ist in mehr als 460 begutachteten wissenschaftlichen Veröffentlichungen belegt. Einige repräsentative Highlights sollen hier genannt werden: 1. Grundlegende Virulenz- und Resistenzmechanismen von Pathogenen wurden z. B. an Candida albicans untersucht, die Effluxpumpen exprimieren, die antifungale Wirkstoffe ausschleusen. Die Expression dieser Proteine wird durch ein diffiziles Zusammenspiel verschiedener Transkriptionsfaktoren gesteuert. Die Kenntnis ihrer Aktivierung, Stimulation und ihres Einflusses auf die Fitness des Erregers sind eine grundlegende Voraussetzung, um diesen Resistenzmechanismus zu bezwingen. 2. Ein bedeutender Virulenzmechanismus in Trypanosomen ist die Variation des Antigens, das die gesamte Oberfläche des Parasiten bedeckt. Wir konnten nun zeigen, dass dieser Prozess mechanistisch mit der Stadienentwicklung der Trypanosomen verbunden ist und haben somit einen neuen Angriffspunkt für die Afrikanische Schlafkrankheit identifiziert. 3. Für bakterielle Infektionen wurden neue In-vivo-Imaging-Verfahren entwickelt, die erstmalig die parallele Analyse der Dynamik und Kinetik einer Infektion sowohl des Pathogens als auch der zellulären Immunantwort des Wirts erlauben und somit ein umfassendes Bild ihrer Wechselwirkungen in Echtzeit geben. 4. Der Wirkmechanismus von anti-infektiven Substanzen wurde nicht nur in den zellulären Stoffwechselprozessen wie Apoptose und Autophagie analysiert, sondern auch bis auf die atomare Ebene der Interaktionen zwischen Ligand und Zielprotein. Dem Zusammenwirken von Experten der Strukturbiologie, der theoretischen Chemie, der synthetischen Chemie und der Biochemie gelang es, eine neue Route zum maßgeschneiderten Design von kovalenten Proteinliganden zu erschließen. Ausgehend von den bekannten strukturellen Interaktionen von irreversiblen Proteaseinhibitoren wurden durch quantenmechanische Berechnungen und Docking-Studien die korrespondierenden kovalent-reversiblen Inhibitoren entworfen. Diese Liganden zeigen die gewünschten kinetischen Parameter in vitro, sind hochaktiv gegen Trypanosomen und erzeugen – wie erwartet – wesentlich geringere Zytotoxizität. 5. Im Bereich der Chemie und Pharmazie wurden neue Strategien zur Gewinnung und strukturellen Charakterisierung der Wirkstoffe sowie zu ihrer galenischen Formulierung verwirklicht. Für ausgewählte Arzneimittelkandidaten aus den Klassen der Chinolonamide, der Naphthylisochinolin-Derivate, der Pipecolinsäureester und der Zimtsäureester wurde die Effizienz im Tiermodell für die afrikanische Trypanomiasis, Malaria, Melioidose oder Leishmaniose bewiesen - dies ist ein Schlüsselschritt zur Übernahme der weiteren Entwicklung durch Produktentwicklungsgesellschaften wie „Drugs for Neglected Diseases Initiative“ oder durch die pharmazeutische Industrie.

Projektbezogene Publikationen (Auswahl)

  • 3,3-Dimethyl-8- oxoisochinoline, Verfahren zu ihrer Herstellung, sie enthaltende pharmazeutische Zusammensetzungen und deren Verwendung. Deutsches Patent DE 103 03 254 B3 (23.09.2004)
    G. Bringmann, C. Rummey, S. Neumann, R. Brun, A. Stich, V. Hörr, W.E.G. Müller
  • Biofilm-hemmende Wirkung sowie antiinfektive Aktivität N,C- verknüpfter Arylisochinoline, deren pharmazeutische Zusammensetzung und deren Verwendung. Deutsches Patent DE 10 2006 046 922 B3 (15.11.2007)
    G. Bringmann, T. Gulder, U. Hentschel, F. Meyer, H. Moll, J. Morschhäuser, A. Ponte-Sucre, A. Stich, R. Brun, W.E.G. Müller, V. Mudogo
  • Direct and label-free detection of solidphase-bound compounds by using surface-enhanced Raman scattering microspectroscopy. Angew Chem Int Ed Engl 2007, 46, 4786-4789
    C. Schmuck, P. Wich, B. Küstner, W. Kiefer, S. Schlücker
    (Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1002/anie.200605190)
  • The transcription factor Mrr1p controls expression of the MDR1 efflux pump and mediates multidrug resistance in Candida albicans. PLoS Pathog 2007, 3, e164
    J. Morschhäuser, K. S. Barker, T. T. Liu, B. W. J. Bla, R. Homayouni, P. D. Rogers
    (Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1371/journal.ppat.0030164)
  • Antiinfective and antitumoral compounds isolated from tropical lianas. Europäische Patentanmeldung EP 2093 207 A8 (16.05.2008); International Patent Application PCT/EP2009/000855 (06.02.2009)
    G. Bringmann, S. Rüdenauer, R. Brun, A. Irmer, R. Bargou, M. Chatterjee, A. Voskobojnik
  • On-bead screening of a combinatorial fumaric acid derived peptide library yields antiplasmodial cysteine protease inhibitors with unusual peptide sequences. J Med Chem 2009, 52, 5662-5672
    U. Machon, C. Büchold, M. Stempka, T. Schirmeister, C. Gelhaus, M. Leippe, J. Gut, P. J. Rosenthal, C. Kisker, M. Leyh, C. Schmuck
    (Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1021/jm900629w)
  • Quantitative CARS microscopic detection of analytes and their isotopomers in a two-channel microfluidic chip. Small 2009, 5, 2816-2818
    G. Bergner, S. Chatzipapadopoulos, D. Akimov, B. Dietzek, D. Malsch, T. Henkel, S. Schlücker, J. Popp
    (Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1002/smll.200900807)
  • Genkonversionskonstrukt und Verfahren zur Vererbung von Genmobilität sowie Verwendung des Konstruktes. DE102006021516 (25.03.2010)
    T. Löwe, R. Gross, T. Dandekar
  • Michael acceptor based antiplasmodial and antitrypanosomal cysteine protease inhibitors with unusual amino acids. J Med Chem 2010, 53, 1951-1963
    A. Breuning, B. Degel, F. Schulz, C. Büchold, M. Stempka, U. Machon, S. Heppner, C. Gelhaus, M. Leippe, M. Leyh, C. Kisker, J. Rath, A. Stich, J. Gut, P. J. Rosenthal, C. Schmuck, T. Schirmeister
    (Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1021/jm900946n)
  • Total synthesis of the N,C-coupled naphthylisoquinoline alkaloids ancistrocladinium A and B and related analogues. J Am Chem Soc 2010, 132, 1151-1158
    G. Bringmann, T. Gulder, B. Hertlein, Y. Hemberger, F. Meyer
    (Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1021/ja9097687)
  • Development of antitrypanosomal and antiplasmodial nonpeptidic cysteine protease inhibitors based on N-protected-guanidino-furan and -pyrrole building blocks. ChemMedChem 2011, 6, 1581-1586
    S. Langolf, U. Machon, M. Ehlers, W. Sicking, T. Schirmeister, C. Buchhold, C. Gelhaus, P. J. Rosenthal, C. Schmuck
    (Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1002/cmdc.201100189)
  • Functional dissection of a Candida albicans zinc cluster transcription factor, the multidrug resistance regulator Mrr1. Eukaryot Cell 2011, 10, 1110- 1121
    S. Schubert, C. Popp, P. D. Rogers, J. Morschhäuser
    (Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1128/EC.05100-11)
  • Mode-of-action studies of the novel bisquaternary bisnaphthalimide MT02 against Staphylococcus aureus. Antimicrob Agents Chemother 2011, 55, 311-320
    T. M. Menzel, M. Tischer, P. Francois, J. Nickel, J. Schrenzel, H. Bruhn, A. Albrecht, L. Lehmann, U. Holzgrabe, K. Ohlsen
    (Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1128/AAC.00586-10)
  • Modeling antibiotic and cytotoxic effects of the dimeric isoquinoline IQ-143 on metabolism and its regulation in Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis and human cells. Genome Biol 2011, 12, R24
    A. Cecil, C. Rikanovic, K. Ohlsen, C. Liang, J. Bernhardt, T. A. Oelschlaeger, T. Gulder, G. Bringmann, U. Holzgrabe, M. Unger, T. Dandekar
    (Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1186/gb-2011-12-3-r24)
  • New cis-configured aziridine-2- carboxylates as aspartic acid protease inhibitors. ChemMedChem 2011, 6, 141-152
    C. Büchold, Y. Hemberger, C. Heindl, A. Welker, B. Degel, T. Pfeuffer, P. Staib, S. Schneider, P. J. Rosenthal, J. Gut, J. Morschhäuser, G. Bringmann, T. Schirmeister
    (Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1002/cmdc.201000370)
  • Pipecolic acid derivatives as small-molecule inhibitors of the Legionella MIP protein. J Med Chem 2011, 54, 277-283
    C. Juli, M. Sippel, J. Jager, A. Thiele, M. Weiwad, K. Schweimer, P. Rosch, M. Steinert, C. A. Sotriffer, U. Holzgrabe
    (Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1021/jm101156y)
  • Quantitative detection of C-deuterated drugs by CARS microscopy and Raman microspectroscopy. Analyst 2011, 136, 3686-3693
    G. Bergner, C. R. Albert, M. Schiller, G. Bringmann, T. Schirmeister, B. Dietzek, S. Niebling, S. Schlücker, J. Popp
    (Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1039/c0an00956c)
  • Quantitative, label-free and site-specific monitoring of molecular recognition: a multivariate resonance Raman approach. Chem Commun (Camb) 2011, 47, 568-570
    S. Niebling, H. Y. Kuchelmeister, C. Schmuck, S. Schlücker
    (Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1039/c0cc02052d)
  • Highly selective antiplasmodial naphthylisoquinoline alkaloids from Ancistrocladus tectorius. Phytochemistry 2012
    G. Bringmann, G. Zhang, T. Ölschläger, A. Stich, J. Wu, M. Chatterjee, R. Brun
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.phytochem.2012.02.017)
  • Quaternary ammonium salts and their antimicrobial potential: targets or nonspecific interactions? ChemMedChem 2012, 7, 22-31
    M. Tischer, G. Pradel, K. Ohlsen, U. Holzgrabe
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1002/cmdc.201100404)
  • Staphylococcus aureus FabI: inhibition, substrate recognition, and potential implications for in vivo essentiality. Structure 2012, 20, 802-813
    J. Schiebel, A. Chang, H. Lu, M. V. Baxter, P. J. Tonge, C. Kisker
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.str.2012.03.013)
  • Structure of the Yersinia pestis FabV Enoyl-ACP Reductase and Its Interaction with Two 2-Pyridone Inhibitors. Structure 2012, 20, 89-100
    M. W. Hirschbeck, J. Küper, H. Lu, N. Liu, C. Neckles, S. Shah, S. Wagner, C. A. Sotriffer, P. J. Tonge, C. Kisker
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.str.2011.07.019)
  • Synthesis and structure-activity relationships of new quinolone-type molecules against Trypanosoma brucei. J Med Chem 2012, 55, 2538-2548
    G. Hiltensperger, N. G. Jones, S. Niedermeier, A. Stich, M. Kaiser, J. Jung, S. Puhl, A. Damme, H. Braunschweig, L. Meinel, M. Engstler, U. Holzgrabe
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1021/jm101439s)
  • The stepwise acquisition of fluconazole resistance mutations causes a gradual loss of fitness in Candida albicans. Mol Microbiol 2012, 86, 539-556
    C. Sasse, N. Dunkel, T. Schäfer, S. Schneider, F. Dierolf, K. Ohlsen, J. Morschhäuser
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2012.08210.x)
  • A novel Leishmania major amastigote assay in 96-well format for rapid drug screening and its use for discovery and evaluation of a new class of leishmanicidal quinolinium salts. Antimicrob Agents Chemother 2013, 57, 3003-3011
    G. Bringmann, K. Thomale, S. Bischof, C. Schneider, M. Schultheis, T. Schwarz, H. Moll, U. Schurigt
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1128/AAC.02201-12)
  • A primaquine-chloroquine hybrid with dual activity against Plasmodium liver and blood stages. Int J Med Microbiol 2013
    M. Lödige, M. D. Lewis, E. S. Paulsen, H. L. Esch, G. Pradel, L. Lehmann, R. Brun, G. Bringmann, A. K. Mueller
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.ijmm.2013.07.005)
  • Do we need new drugs against human African trypanosomiasis? Lancet Inf Diseases 2013, 13, 733-734
    A. Stich, A. Ponte-Sucre, U. Holzgrabe
    (Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1016/S1473-3099(13)70191-9)
  • Jozimine A2: the first dimeric Dioncophyllaceae-type naphthylisoquinoline alkaloid, with three chiral axes and high antiplasmodial activity. Chemistry 2013, 19, 916-923
    G. Bringmann, G. Zhang, T. Buttner, G. Bauckmann, T. Kupfer, H. Braunschweig, R. Brun, V. Mudogo
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1002/chem.201202755)
  • MycPermCheck: the Mycobacterium tuberculosis permeability prediction tool for small molecules. Bioinformatics 2013, 29, 62-68
    B. Merget, D. Zilian, T. Müller, C. A. Sotriffer
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts641)
  • Optimization of triazine nitriles as rhodesain inhibitors: structure-activity relationships, bioisosteric imidazopyridine nitriles, and X-ray crystal structure analysis with human cathepsin L. ChemMedChem 2013, 8, 967-975
    V. Ehmke, E. Winkler, D. W. Banner, W. Haap, W. B. Schweizer, M. Rottmann, M. Kaiser, C. Freymond, T. Schirmeister, F. Diederich
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1002/cmdc.201300112)
  • Pilus phase variation switches gonococcal adherence to invasion by caveolin-1-dependent host cell signaling. PLoS Pathog 2013, 9, e1003373
    M. Faulstich, J. P. Böttcher, T. F. Meyer, M. Fraunholz, T. Rudel
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1003373)
  • Rational optimization of drug-target residence time: insights from inhibitor binding to the Staphylococcus aureus FabI enzyme-product complex. Biochemistry 2013, 52, 4217-4228
    A. Chang, J. Schiebel, W. Yu, G. R. Bommineni, P. Pan, M. V. Baxter, A. Khanna, C. A. Sotriffer, C. Kisker, P. J. Tonge
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1021/bi400413c)
  • Structure and function of the PorB porin from disseminating Neisseria gonorrhoeae. Biochem J 2013, 449, 631-642
    K. Zeth, V. Kozjak-Pavlovic, M. Faulstich, M. Fraunholz, R. Hurwitz, O. Kepp, T. Rudel
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1042/BJ20121025)
  • Bioluminescence and 19F Magnetic Resonance Imaging Visualize the Efficacy of Lysostaphin Alone and in Combination with Oxacillin against Staphylococcus aureus in Murine Thigh and Catheter-Associated Infection Models. Antimicrob Agents Chemother 2014, 58, 1630-1638
    T. Hertlein, V. Sturm, U. Lorenz, K. Sumathy, P. Jakob, K. Ohlsen
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1128/AAC.01422-13)
  • Cathepsin B in antigen-presenting cells controls mediators of the Th1 immune response during Leishmania major infection. PLoS Negl Trop Dis 2014, 8, e3194
    I. J. Gonzalez-Leal, B. Roger, A. Schwarz, T. Schirmeister, T. Reinheckel, M. B. Lutz, H. Moll
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0003194)
  • Compounds and markers for surface-enhanced Raman scattering. PCT Int. Appl. 2009; US2010284917 (07.10.2014)
    B. Kuestner, S. Schluecker, C. Schmuck
  • Dereplication strategies for targeted isolation of new antitrypanosomal actinosporins A and B from a marine sponge associated-Actinokineospora sp. EG49. Mar Drugs 2014, 12, 1220-1244
    U. R. Abdelmohsen, C. Cheng, C. Viegelmann, T. Zhang, T. Grkovic, S. Ahmed, R. J. Quinn, U. Hentschel, R. Edrada-Ebel
    (Siehe online unter https://doi.org/10.3390/md12031220)
  • Evidence for substrate binding-induced zwitterion formation in the catalytic Cys-His dyad of the SARS-CoV main protease. Biochemistry 2014, 53, 5930-5946
    A. Paasche, A. Zipper, S. Schäfer, J. Ziebuhr, T. Schirmeister, B. Engels
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1021/bi400604t)
  • Expression site attenuation mechanistically links antigenic variation and development in Trypanosoma brucei. Elife 2014, 3, e02324
    C. Batram, N. G. Jones, C. J. Janzen, S. M. Markert, M. Engstler
    (Siehe online unter https://doi.org/10.7554/eLife.02324)
  • The Protonation State of Catalytic Residues in the Resting State of KasA Revisited: Detailed Mechanism for the Activation of KasA by Its Own Substrate. Biochemistry 2014, 53, 919- 931
    W. Lee, B. Engels
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1021/bi401308j)
  • Anti-trypanosomal activities and structural chemical properties of selected compound classes. Parasitol Res 2015, 114, 501-512
    A. Ponte-Sucre, H. Bruhn, T. Schirmeister, A. Cecil, C. R. Albert, C. Buechold, M. Tischer, S. Schlesinger, T. Goebel, A. Fuss, D. Mathein, B. Merget, C. A. Sotriffer, A. Stich, G. Krohne, M. Engstler, G. Bringmann, U. Holzgrabe
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1007/s00436-014-4210-4)
  • Autophagic digestion of Leishmania major by host macrophages is associated with differential expression of BNIP3, CTSE, and the miRNAs miR-101c, miR-129, and miR-210. Parasit Vectors 2015, 8, 404
    B. Frank, A. Marcu, A. L. de Oliveira Almeida Petersen, H. Weber, C. Stigloher, J. C. Mottram, C. J. Scholz, U. Schurigt
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1186/s13071-015-0974-3)
  • Elicitation of secondary metabolism in actinomycetes. Biotechnol Adv 2015
    U. R. Abdelmohsen, T. Grkovic, S. Balasubramanian, M. S. Kamel, R. J. Quinn, U. Hentschel
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2015.06.003)
  • FadA5 a thiolase from Mycobacterium tuberculosis: a steroid-binding pocket reveals the potential for drug development against tuberculosis. Structure 2015, 23, 21-33
    C. M. Schaefer, R. Lu, N. M. Nesbitt, J. Schiebel, N. S. Sampson, C. Kisker
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.str.2014.10.010)
  • Inhibitory activities of the marine streptomycete-derived compound SF2446A2 against Chlamydia trachomatis and Schistosoma mansoni. J Antibiot (Tokyo) 2015
    A. Reimer, A. Blohm, T. Quack, C. G. Grevelding, V. Kozjak-Pavlovic, T. Rudel, U. Hentschel, U. R. Abdelmohsen
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/ja.2015.54)
  • Vinyl sulfone building blocks in covalently reversible reactions with thiols. New Journal of Chemistry 2015, 39, 5841-5853
    T. H. Schneider, M. Rieger, K. Ansorg, A. N. Sobolev, T. Schirmeister, B. Engels
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1039/c5nj00368g)
 
 

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