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Institution

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Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
Institut für Informatik
Lehrstuhl für Bioinformatik

Adresse Georges-Köhler-Allee 106
79110 Freiburg
Deutschland

GERiT Diese Institution in GERiT

79110 Freiburg

Projekte

Schwerpunktprogramme
- laufende Projekte
  - Frühe Determinanten der Differenzierung von Heterozysten in Multizellulären Cyanobakterien
    (Antragsteller Backofen, Rolf ; Hess, Wolfgang R. )
  - Ribosomenprofiling und Bioinformatik
    (Antragstellerinnen / Antragsteller Backofen, Rolf ; Sharma, Cynthia Mira )
  - Schlußfolgerungen zur Natur des letzten gemeinsamen Ahnen der Pflanzen
    (Antragsteller Rensing, Stefan A. )
- abgeschlossene Projekte
  - Algorithmic determination of whether a protein`s cysteine residue can be replaced by selenocysteine by silent/similiar pointwise mutagenesis in DNA/RNA. Intended application to phase determination in X-ray crystallography and NMR spectroscopy.
    (Antragsteller Backofen, Rolf )
  - Computational Detection of Bacterial ncRNAs and their Targets
    (Antragsteller Backofen, Rolf ; Stadler, Peter Florian )
  - Das CRISPR/Cas-System in Neisseria meningitidis und sein potentieller Einfluss auf die Wirtszelladhäsion
    (Antragsteller Schoen, Christoph )
  - Die Populationsgenetik des CRISPR-Cas-Systems in Bakterien
    (Antragsteller Backofen, Rolf ; Pfaffelhuber, Peter )
  - Funktionelle Charakterisierung der nicht-kodierenden RNA Pantr1 in der FOXG1-abhängigen Vorderhirnentwicklung und im Rett-Syndrom
    (Antragstellerinnen / Antragsteller Backofen, Rolf ; Vogel, Tanja )
  - MiRNA and RNA-binding proteins as integral part of cell communication:context-based target prediction and validation
    (Antragsteller Backofen, Rolf ; Palme, Klaus ; Theis, Fabian )
  - Z-Projekt “CRISPR Bioinformatik”
    (Antragsteller Backofen, Rolf )
Forschungsgruppen
- abgeschlossene Projekte
  - Bioinformatische Analyse von CRISPR-Elementen
    (Antragsteller Backofen, Rolf )
Sachbeihilfen
- laufende Projekte
  - Einfluss von RNA-bindenden Proteinen und mRNA-Strukturen auf alternative Translation-Regulationsmechanismen im entzündlichen Tumorgeschehen
    (Antragsteller Backofen, Rolf ; Schmid, Tobias )
- abgeschlossene Projekte
  - ATP - Automatisierte intra-annuelle Jahrringanalyse für Dendroökologische Forschung
    (Antragsteller Backofen, Rolf ; Spiecker, Heinrich )
  - eCLASH: Definition des Interactomes kleiner RNA
    (Antragsteller Backofen, Rolf ; Pospisilik, Ph.D., John Andrew )
  - Ein Flexibles und effizientes System für RNA Sequenz-Struktur-Motiven
    (Antragsteller Backofen, Rolf )
  - Extending the theory of Algebraic Dynamic Programming for applications in bioinformatics
    (Antragsteller Backofen, Rolf )
  - Vorhersage von RNA-RNA Interaktionen durch kinetische Modellierung.
    (Antragsteller Backofen, Rolf )
Forschungsgroßgeräte
- abgeschlossene Projekte
  - High-Performance Computing (HPC) Cluster
Sonderforschungsbereiche
- laufende Projekte
  - Ein effektiver Ähnlichkeitsintegrationsansatz für multimodale neuronale Netze zur verbesserten Priorisierung von Krankheitsgenen
    (Teilprojektleiterinnen / Teilprojektleiter Backofen, Rolf ; Schmidts, Miriam )
  - Ermöglichung der effektiven und sicheren Anwendung des CRISPR/Cas-Systems in primären Humanzellen mittels Deep-Learning-basierter Vorhersagealgorithmen auf der Basis gut untersuchter Zelltypen
    (Teilprojektleiter Backofen, Rolf ; Cathomen, Toni )
  - Integriertes Graduiertenkolleg
    (Teilprojektleiterinnen / Teilprojektleiter Backofen, Rolf ; Binder, Nadine )
  - Tiefensequenzierung / Bioinformatik
    (Teilprojektleiter Backofen, Rolf ; Manke, Thomas )
  - Zentrale Unterstützung für FACS-Sortierung, Sequenzierung und bioinformatische Analyse
    (Teilprojektleiter Backofen, Rolf ; Gilsbach, Ralf ; Hein, Lutz )
- abgeschlossene Projekte
  - Alternative Splicing as a Modulator of Signal Transduction
    (Teilprojektleiter Backofen, Rolf ; Platzer, Matthias )
Transregios
- laufende Projekte
  - Bioinformatik Core
    (Teilprojektleiterinnen / Teilprojektleiter Backofen, Rolf ; Börries, Melanie )
Graduiertenkollegs
- laufende Projekte
  - GRK 2344: MeInBio - BioInMe: Untersuchung räumlicher und zeitlicher Dynamik der Genregulation mit hochauflösenden Hochdurchsatzverfahren
    (Sprecherin Vogel, Tanja )
Nationale Forschungsdateninfrastruktur Fach- und Methodenkonsortien
- laufende Projekte
  - DataPLANT – Daten in Pflanzen-Grundlagenforschung
    (Sprecher von Suchodoletz, Dirk )
  - NFDI4BIOIMAGE - Nationale Forschungsdateninfrastruktur für Mikroskopie und Bildanalyse
    (Sprecherin Weidtkamp-Peters, Stefanie )

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