SPP 1063:  Informatikmethoden zur Analyse und Interpretation großer genomischer Datenmengen

• Subject Area: Computer Science, Systems and Electrical Engineering
• Term: from 1998 to 2004
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5469149

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• DFG Programme: Priority Programmes

Projects

• Bioinformatikanalyse der Zusammenhänge von Mutationen des HIV-Genoms mit phänotypischer Medikamentenresistenz zur Optimierung antiviraler Therapien (Applicant Hoffmann, Daniel )
• Bioinformatikanalyse der Zusammenhänge von Mutationen des HIV-Genoms mit phänotypischer Medikamentenresistenz zur Optimierung antiviraler Therapien (Applicant Kaiser, Rolf )
• Entschlüsselung und Modellierung genregulatorischer Netzwerke in Form gerichteter Graphen (Applicant Schneider, Ralf )
• Entwicklung eines Protein-Protein-Docking-Algorithmus und Anwendungen des Algorithmus bei der Struktur-Funktions-Analyse von Protein-Komplexen (Applicant Lenhof, Hans-Peter )
• Entwicklung eines Protein-Protein-Docking-Algorithmus und Anwendungen des Algorithmus bei der Struktur-Funktions-Analyse von Protein-Komplexen (Applicant Bayer, Peter )
• Entwicklung eines Protein-Protein-Docking-Algorithmus und Anwendungen des Algorithmus bei der Struktur-Funktions-Analyse von Protein-Komplexen (Applicant Scheidig, Axel J. )
• Entwicklung eines Software-Systems zum multiplen Genomvergleich (Applicant Ohlebusch, Enno )
• Entwicklung eines Systems zur deklarativen Beschreibung und effizienten Suche hybrider Muster in großen genomischen Datenmengen (Applicant Steger, Gerhard )
• Entwicklung eines Systems zur deklarativen Beschreibung und effizienten Suche hybrider Muster in großen genomischen Datenmengen (Applicant Kurtz, Stefan )
• Entwicklung von effizienten Methoden für das 1:n Docking von Proteinen unter Berücksichtigung lokaler Flexibilität (Applicant Schomburg, Dietmar )
• Entwicklung von effizienten Methoden für das 1:n Docking von Proteinen unter Berücksichtigung lokaler Flexibilität (Applicant Kriegel, Hans-Peter )
• Entwicklung von effizienten Methoden für das 1:n Docking von Proteinen unter Berücksichtigung lokaler Flexibilität (Applicant Sagerer, Gerhard )
• Entwicklung von Zielfunktionen für das segmentbasierte multiple Sequenzalignment; Entwicklung bzw. Anpassung von Optimierungsalgorithmen zum Auffinden von optimalen bzw. suboptimalen Alignments entsprechend der entwickelten Zielfunktion (Applicant Morgenstern, Burkhard )
• Erkennung von Genen in prokaryontischen Genomen (Applicant Frishman, Dmitrij )
• Flexible Beschreibung und Optimierung biologischer Randbedingungen zur Aufdeckung von Sequenz-Struktur-Beziehungen von Proteinen (Applicant Lengauer, Thomas )
• Flexible Beschreibung und Optimierung biologischer Randbedingungen zur Aufdeckung von Sequenz-Struktur-Beziehungen von Proteinen (Applicant Zimmer, Ralf )
• Functional annotation of protein sequences using machine-learning algorithms (Applicant Tetko, Igor V. )
• Gene and genome duplications and the evolution of novel gene functions in deuterostomes (Applicant Meyer, Axel )
• Modeling metabolic networks based on in-vivo-, in-vitro and in-silico-data (Applicant Wiechert, Wolfgang )
• Modeling metabolic networks based on in-vivo-, in-vitro and in-silico-data (Applicant Takors, Ralf )
• Modellierung metabolischer Netzwerke auf der Grundlage von In-Vivo-, In-Vitro und In-Silico-Daten (Applicant Freisleben, Bernd )
• Modellierung und Animation regulatorischer Genwirknetze (Applicant Hofestädt, Ralf )
• Multiple Protein Alignment Algorithmen mit Splitmetriken und Validierung von Phylogenien (Applicant Zimmer, Ralf )
• Neue Software zur Modellierung und Annotation von Genen (Applicant Kleffe, Jürgen )
• Spektrale Analyse in der Bioinformatik - Ein neues Verfahren für den schnellen Vergleich großer sequenzbasierter Datenmuster als Alternative zu BLAST (Applicant Kauer, Gerhard )
• Stoffwechselwegvorhersagen mittels Genomanalyse und Enzymkettenmodellierung (Applicant Bork, Peer )
• Stoffwechselwegvorhersagen mittels Genomanalyse und Enzymkettenmodellierung (Applicant Schuster, Stefan )
• Systematische Genomvergleiche mit Hilfe von Positionsbäumen (Applicant Mewes, Hans-Werner )
• Vorhersage und Analyse von Proteinstrukturen und Struktur-Funktionsbeziehungen (Applicant Lengauer, Thomas )

• Spokesperson: Professor Dr. Thomas Lengauer