TRR 5:  Chromatin: Aufbau und Vererbung von Struktur und Genaktivität

• Fachliche Zuordnung: Biologie
• Förderung: Förderung von 2002 bis 2012
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 5485239

Transregio 5 ist ein interdisziplinärer Forschungsverbund mit dem Ziel, das regulatorische Potenzial der Chromatinorganisation im Hinblick auf Genaktivität zu erforschen. Das Thema wird mit Hilfe gut etablierter, komplementärer experimenteller Systeme und ausgewählten Modellorganismen auf verschiedenen Strukturebenen, vom einzelnen Nukleosom über nukleosomale Ketten bis hin zu Chromosomendomänen und -territorien, bearbeitet. Der umfassende Forschungsansatz verspricht neue Erkenntnisse über grundlegende Prinzipien und Mechanismen, die zentralen Prozessen im Eukryontenzellkern, wie Genregulation, DNA-Replikation und Reparatur von DNA-Schäden, zugrunde liegen. Hauptziele des Programmes sind
-- die Identifizierung und Charakterisierung von Faktoren und Prozessen, die die Positionierung und posttranslationale Modifizierung von Nukleosomen mit regulatorische Potential bewirken;
-- die Aufklärung der funktionellen Bedeutung spezieller Chromatinstrukturen und der Beiträge von Nichthiston-Regulatoren, Chromatinfaltung und der Kompartimentalisierung des Zellkernes;
-- die Erforschung der Prinzipien, nach denen die Enzyme, die Chromatin modifizieren, an definierten Genloci, Chromosomendomänen und Kernkompartimente geleitet werden;
-- das Verständnis der Prinzipien, die dynamischen reversiblen Änderungen der Chromatinstruktur einerseits und stabilen epigenetischen Zuständen andererseits zugrunde liegen.

• DFG-Verfahren: Transregios
• Internationaler Bezug: Großbritannien, Schweiz

Abgeschlossene Projekte

• A02 - Monitoring expression-related changes of gene topology in nuclei of living cells (Teilprojektleiterinnen / Teilprojektleiter Brack-Werner, Ruth ;  Cremer, Thomas )
• A4 - Role of Nuclear Matrix Attachment Regions for Gene Expression and Chromatin Accessibilty (Teilprojektleiter Grosschedl, Rudolf )
• A06 - Regulation of the ribosomal DNA genes in chromatin (Teilprojektleiter Längst, Gernot M. )
• A7 - Function of transcription coactivator complexes in chromatin (Teilprojektleiter Meisterernst, Michael )
• A08 - Chromatin remodelling in Xenopus development (Teilprojektleiter Rupp, Ralph A. W. )
• A09 - Analysis of the functional properties of chromatin domains in relation to their modifications and their compartmentalization in the cell nucleus (Teilprojektleiterin Zink, Daniele )
• A10 - Chromatin structure and control of the rDNA locus (Teilprojektleiterin Grummt, Ingrid )
• A11 - Identification and characterization of target genes for the Drosophila MBD2/3 protein (Teilprojektleiter Lyko, Frank )
• A12 - Epigenetic mechanisms maintaining transcriptional memory (Teilprojektleiter Paro, Renato )
• A13 - Regulation of gene expression by histone methylation and demethylation (Teilprojektleiter Sauer, Frank )
• A14 - Growth dependent regulation of rRNA synthesis in yeast: components of the yeast RNA polymerase I transcription machinery and their interaction with charomatin (Teilprojektleiter Tschochner, Herbert )
• A15 - Isolation and characterisation of mammalian MSL complex (Teilprojektleiterin Akhtar, Ph.D., Asifa )
• A18 - Targeting chromatin-modifying protein complexes to regulatory DNA elements (Teilprojektleiter Müller, Jürg )
• A19 - Centromeric Chromatin (Teilprojektleiter Schiebel, Elmar )
• M01 - Dosis Kompensation in Drosophila (Teilprojektleiter Becker, Peter Burkhard )
• M02 - Funktionen der RNA Polymerase II für die Transkription von Chromatin (Teilprojektleiter Eick, Dirk )
• M03 - Struktur-Funktions-Analyse von Chromatin-Transkriptionsfaktoren (Teilprojektleiter Cramer, Patrick )
• M04 - Dynamische Veränderungen von Chromatinzuständen (Teilprojektleiter Imhof, Axel )
• M05 - Entwicklungsspezifische Reifung der Chromatinstruktur (Teilprojektleiter Rupp, Ralph A. W. )
• M06 - Positionierung und Remodulierung von Nukleosomen in den Hefen S. cerevisiae und S. pombe (Teilprojektleiter Korber, Philipp )
• M07 - Kryo-EM Analyse des ISWI Chromatin Remodelling Komplexes ACF (Teilprojektleiter Beckmann, Roland )
• M08 - Funktionelle Architektur des INO80 Chromatin-remodelling Komplexes in der DNA Reparatur (Teilprojektleiter Hopfner, Karl-Peter )
• M09 - Die Bedeutung von epigenetischen Modifikationen und Chromatin-Remodelling für die Initiation der DNA replication (Teilprojektleiter Schepers, Aloys )
• M10 - Die Rolle von Histon H3 Varianten in der Genregulation in Säugetieren (Teilprojektleiterin Hake, Sandra Brigitte )
• M11 - Die biologischen Funktionen der H4K20 Methylierung (Teilprojektleiter Schotta, Gunnar )
• M12 - Mechanismus der Zellzyklusregulation durch Histon H3 Lysin 76-Methylierung in Trypanosoma brucei (Teilprojektleiter Janzen, Christian )
• M13 - Rolle und Regulation der DNA-Methyltransferaseinteraktion mit Chromatin (Teilprojektleiter Leonhardt, Heinrich )
• M15 - Die Kinetik der CpG-Methylierung und Chromatinbildung von Epstein-Barr Virus DNA (Teilprojektleiter Hammerschmidt, Wolfgang )
• Z01 - Zentrale Aufgaben (Teilprojektleiter Becker, Peter Burkhard )
• Z02 - Core Facility monoclonal antibodies fpr CRC TRR 5 (Teilprojektleiterin Kremmer, Elisabeth )
• Z03 - Zentrallabor für Proteinanalytik (Teilprojektleiter Imhof, Axel )
• Z04 - Analyse zellzyklusabhängiger funktioneller Chromatinorganisation und -dynamik mittels ultra-hochauflösender Lichtmikroskopie (Teilprojektleiter Schermelleh, Lothar )

• Antragstellende Institution: Ludwig-Maximilians-Universität München
• Beteiligte Institution: Helmholtz Zentrum München; Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt
• Sprecher: Professor Dr. Peter Burkhard Becker