SFB 1064:
Chromatindynamik
Fachliche Zuordnung
Biologie
Förderung
Förderung von 2013 bis 2025
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 213249687
Der SFB behandelt dynamische Veränderungen der Chromatinorganisation. Wir wollen die Prinzipien und Mechanismen verstehen, die der Diversität von Chromatinstrukturen zugrunde liegen und ihrer Plastizität, flexibel auf Anforderungen der Umwelt, des Stoffwechsels und der Ontogenese zu reagieren. Ein umfassendes Verständnis von Chromatinorganisation und damit verbundenen Funktionen wird möglich durch Identifizierung und biochemischer Charakterisierung von Metaboliten und Enzymen, Multi-Omic-Analysen sowie Imaging von Zellen in diversen physiologischen Zuständen und während der Ontogenese von Modellorganismen. Wir erforschen die durch Chromatin vermittelte Regulation von Genomen und einzelner Genorte, indem wir Muster von Histonmodifikationen und -varianten, des Nukleosomen-Remodelling, der Proteinzusammensetzung und des Kompaktierungsgrades kartieren und dynamische Veränderungen aufgrund physiologischer oder experimentell induzierter Änderungen des Zellstatus, der Verfügbarkeit von Nährstoffen oder der DNA-Schädigung beobachten. Dabei interessiert uns, wie das Zusammenspiel der wichtigen Genomfunktionen Transkription, Replikation und die Bewahrung der Genomintegrität, zu strukturellen Anpassungen des Chromatins führen. In der dritten Förderperiode des SFB sorgen zwei Transversalthemen für neue Blickwinkel und Forschungsansätze. Eines dieser Themen kann mit ‚Zeitverläufe‘ in der Chromatindynamik überschrieben werden. Hier untersuchen wir reversible Veränderungen (‘turnover’), irreversible Emergenzen stabiler Zustände (‚Trajektorien‘) und zyklische Phänomene. Ein zweites Transversalthema betrifft verschiedenen Schnittflächen zwischen dem Zellstoffwechsel und lokaler Chromatinorganisation. Die 23 Projektleiter des CRC arbeiten in vier Münchner Forschungsinstitutionen: der Ludwig-Maximilians-Universität, dem Helmholtz Zentrum, dem Max-Planck-Institut für Biochemie sowie der Technischen Universität. Die Forschung wird flankiert von zwei zentralen Projekten zur Proteomik und Bioinformatik. Alle Doktoranden sind Mitglieder einer ‚Integrated Research Training Group‘.
DFG-Verfahren
Sonderforschungsbereiche
Laufende Projekte
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A01 - Domino Nukleosomen Remodeling Komplexe und Histone H2A.V Dynamik in Transkription und DNA Reparatur
(Teilprojektleiter
Becker, Peter Burkhard
)
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A03 - Die Chromatin Remodeler ALC1 und HELLS regulieren PARP Dynamik und DNA Reparatur
(Teilprojektleiter
Ladurner, Ph.D., Andreas Gerhard
)
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A04 - Genomweite Rekonstitution der Dynamik von Nukleosomenpositionierung, -kollision, -entfernung und Histonaustausch
(Teilprojektleiter
Korber, Philipp
)
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A06 - Mechanismen der Regulation und Informationsverarbeitung des INO80 Remodelers
(Teilprojektleiter
Hopfner, Karl-Peter
)
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A11 - Silencingmechanismen von endogenen Retroviren
(Teilprojektleiter
Schotta, Gunnar
)
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A12 - Die Bedeutung H4K20-spezifischer Histon-Demethylasen in postmitotischen, differenzierenden Zellen
(Teilprojektleiter
Rupp, Ralph A. W.
)
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A15 - Strukturelle Analyse des PRC1 Komplexes und seiner Interaktion mit Chromatin
(Teilprojektleiter
Müller, Jürg
)
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A16 - Metabolische Kopplung der Histonmodifikation während der Chromatinassemblierung
(Teilprojektleiter
Imhof, Axel
)
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A17 - Rolle und Regulation der DNA-Modifikationen
(Teilprojektleiter
Leonhardt, Heinrich
)
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A20 - Metabolischer Impakt auf die Chromatin Dynamik - Aufklärung der Kontrolle der Genexpression durch metabolische Enzyme und deren Produkte
(Teilprojektleiter
Schneider, Robert
)
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A21 - Ernährungsbedingte Umprogrammierung von Chromatin-Interaktionen durch den Glukokortikoid-Rezeptor
(Teilprojektleiterin
Uhlenhaut, Nina Henriette
)
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A22 - Koordination von epigenetischen Mechanismen via nicht-katalytischer Funktionen von TET-Proteinen
(Teilprojektleiter
Bultmann, Sebastian
)
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A24 - Identifizierung der molekularen und biophysikalischen Faktoren, die für die Etablierung und Inaktivierung von Heterochromatin im Mausembryo verantwortlich sind
(Teilprojektleiterin
Torres-Padilla, Maria Elena
)
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A26 - Entstehung und Funktion der Chromatinstruktur um Chromosom-Replikationsursprünge
(Teilprojektleiter
Kurat, Christoph
)
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A27 - Zellzyklusabhängige Regulation des ORC-assoziierten Proteins LRWD1 durch Phosphorylierung einer intrinsisch unstrukturierten Domäne
(Teilprojektleiter
Bartke, Till
)
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A28 - Charakterisierung der Reaktion von Chromatinorganisation im Darm bei Nahrungsentzug von C. elegans
(Teilprojektleiterin
Cabianca, Ph.D., Daphne Selvaggia
)
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A29 - Kompositionelle und Strukturelle Analyse von DNA-Replikationsursprüngen durch Lokus-spezifische Chromatin-Isolierung
(Teilprojektleiter
Hamperl, Stephan
)
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A30 - Die Weitergabe aktiver Chromatinzustände durch Histonmodifikationen
(Teilprojektleiterin
Hörmanseder, Eva
)
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A32 - Protein- und Phosphorylierungsdynamiken in Zeit und Raum des Zellkerns und ihre Modulation durch den Metabolismus
(Teilprojektleiterin
Robles Martinez, Ph.D., Maria S.
)
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A33 - Die Rolle von Chromatin in der Etablierung interchromosomaler DNA-DNA-Interaktionen
(Teilprojektleiter
Siegel, Tim Nicolai
)
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A34 - Detektion und Reparatur kovalenter DNA-Histon Crosslinks
(Teilprojektleiter
Stingele, Julian
)
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A35 - Funktionelle Analyse und gerichtete Manipulation von dynamischen Chromatin-Mechanismen an rRNA Genen in Säugerzellen
(Teilprojektleiter
Stricker, Stefan
)
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MGK - Integriertes Graduiertenkolleg
(Teilprojektleiter
Böke, Jörn
;
Korber, Philipp
)
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Z01 - Zentralprojekt
(Teilprojektleiter
Becker, Peter Burkhard
)
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Z03 - Proteomik des Chromatins
(Teilprojektleiter
Imhof, Axel
)
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Z04 - Zentrale Serviceeinheit Bioinformatik
(Teilprojektleiter
Straub, Ph.D., Tobias
)
Abgeschlossene Projekte
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A02 - Chromatin Regulation an Promotoren und Enhancern – eine molekular-mechanistische Analyse
(Teilprojektleiterin
Gaul, Ulrike
)
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A05 - Replikationsursprünge werden durch dynamische Chromatinkomponenten reguliert
(Teilprojektleiter
Schepers, Aloys
)
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A07 - Aneinanderreihung von Nukleosomen in verdichtetem Chromatin
(Teilprojektleiter
Müller-Planitz, Felix
)
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A08 - Interaktion von RNA Pol II CTD mit Chromatin - Crosstalk zwischen den Codes
(Teilprojektleiter
Eick, Dirk
)
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A09 - Struktur der Nukleosom-transkribierenden RNA-Polymerase II
(Teilprojektleiter
Cramer, Patrick
)
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A10 - Chromatin-Einbau Mechanismen und Funktionen von neuen Histon H3 und H2A.Z Varianten
(Teilprojektleiterin
Hake, Sandra Brigitte
)
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A13 - Wie erwirbt die virale DNA des Epstein-Barr Virus zelluläres Chromatin in der frühen Phase der Infektion?
(Teilprojektleiter
Hammerschmidt, Wolfgang
)
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A14 - Analyse von Signaltransduktionswegen in epigenetischen Adaptationsprozessen während zellulärem Stress
(Teilprojektleiterin
Classen, Anne-Kathrin
)
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A19 - Erhaltung der Chromatinstruktur während der Gentranskription durch Isw1a
(Teilprojektleiterin
Smolle, Michaela
)
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A23 - Chromatin als limitierender Faktor in der Regulation von DNA Reparaturwegen
(Teilprojektleiter
Pfander, Boris
)
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A25 - Funktion des Kernmembranproteins Lem2 in Retrotransposon-Repression und RNA surveillance
(Teilprojektleiter
Braun, Sigurd
)
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Z02 - Herstellung von Monoklonalen Antikörpern
(Teilprojektleiterin
Kremmer, Elisabeth
)
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Z05 - Lichtmikrokopie
(Teilprojektleiter
Neumann, Jürgen
)
